壹是遵循《事業單位會計準則》（以下簡稱《會計準則》）的原則。修訂《會計制度》與修訂《會計準則》保持同步。修訂後的《會計準則》於2012年12月6日以財政部第72號令正式發布，規定了事業單位會計目標，會計基本假設，會計核算基礎，會計信息質量要求，會計要素的定義、項目構成及分類、壹般確認計量原則，財務會計報告等基本事項，是制定所有事業單位會計制度（包括《事業單位會計制度》和各行業事業單位會計制度）的基礎和依據，在整個事業單位會計體系中起統馭地位。修訂《會計制度》遵循了《會計準則》的規定。
二是與《財務規則》相協調的原則。《財務規則》在維持現行事業單位財務管理體制和財務制度框架體系基本不變的前提下，重點針對部門預算、國庫集中收付、政府采購、非稅收入管理等各項財政改革對相應的內容作了修訂。修訂《會計制度》的基本思路和定位與修訂《財務規則》相壹致，即在維持現行事業單位核算基礎和基本會計模式不變的前提下，重點適應財政改革、著力解決會計實務核算中的突出問題進行修訂。修訂後的《會計制度》在適用範圍、會計核算基礎定位、收入支出科目分類、資產負債確認計量等方面與《財務規則》保持了基本壹致。
三是服務財政科學化精細化管理的原則。事業單位會計制度是財政科學化精細化管理的基礎性制度之壹。更好地服務財政科學化精細化管理是本次修訂《會計制度》所遵循的重要原則之壹。修訂後的《會計制度》要求事業單位區分財政補助和非財政補助，分別核算和反映其收入、支出、結轉和結余，進壹步規範了非財政補助結余分配，要求各項收支按照政府收支分類科目進行明細核算，在財務報表組成中專門增加了“財政補助收入支出表”，由此所提供的會計信息更為精細、科學，將為財政預算管理、單位財務管理發揮更好的基礎性作用。 四是提高事業單位會計信息質量的原則。本次修訂《會計制度》，著力解決事業單位會計實務核算中的突出問題，針對不計提折舊、基建遊離大賬、捐贈劃撥資產不入賬、財政投入資金核算不清晰、壹些重要業務核算無規範、會計科目體系滯後、會計報表結構不合理等問題，都在《會計制度》中引入了相關改革舉措和改進辦法，從而將大大促進事業單位會計核算水平和會計信息質量的提升。