廣州市越秀區國家稅務局內設9個行政機構，級別為正科級，即：辦公室、政策法規科、稅政科、收入核算科（財務管理科）、征收管理科（納稅服務科）、進出口稅收管理科、人事教育科（離退休幹部科）、監察室、辦稅服務廳。
另設機關黨委辦公室（正科級）和離退休幹部科（副科級，掛靠人事教育科）。
（壹）辦公室
制定局年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；負責督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；協助領導對有關工作進行綜合協調。
（二）政策法規科
進行有關政策法規的調查研究；負責貫徹、建立和推行規範稅收執法的規章、制度；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行監督檢查；負責日常管理性監督檢查；承辦重大稅收案件審理的日常工作；負責稅務行政復議、訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責處理納稅人對涉稅事項的復核、申訴；負責規範性文件的會簽把關、文件清理、稅收檢查案件的復查復審以及協調有關處室配合審計、財政監督等部門的外部監督工作；負責稅收業務印章（有專門規定的除外）的管理和本單位對外簽訂合同的把關等工作；辦理人大代表建議和政協委員提案等事項。
（三）稅政科
負責流轉稅、所得稅（含涉外企業所得稅）等稅種稅政業務的貫徹執行；擬訂有關流轉稅、所得稅（含涉外企業所得稅）征收管理的具體辦法；負責增值稅專用發票有關政策的管理；負責金稅工程系統運行和增值稅防偽稅控系統的推廣應用及有關流轉稅業務的管理工作；負責稅務案件（重大稅務案件除外）的審理；牽頭負責納稅評估綜合性制度、辦法的制定和組織實施工作；負責涉外企業審核評稅、納稅評估、國際稅收協定執行、反避稅實施、情報交換、我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責現行涉外企業所得稅稅收政策管理並對執行情況和日常管理情況進行監督檢查。
（四）收入核算科（財務管理科）
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計和信息數據的分析匯總；承擔納稅人申報納稅信息的集中處理和會統核算工作，組織並檢查稅款入、退庫；負責稅源資料的調查和測算，進行稅收分析，監控重點稅源；負責稅款緩繳、呆帳稅金、死欠稅款的核算和監督管理工作；負責對稅收票證的管理；負責本局經費、財務、基本建設、裝備和資產的資金管理工作；組織內部審計和指導政府采購工作；負責本局的財務管理和監督。
（五）征收管理科（納稅服務科）
組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度並制定綜合性稅收征管制度和辦法；負責稅務登記等稅收資料的管理；牽頭對征管質量的綜合考核；指導個體工商戶和集貿市場稅收征管；負責組織征管軟件和除涉及增值稅專用發票防偽稅控以外的稅控器具的推廣和應用工作；負責社會協稅護稅及協助司法機關打擊偽造、倒賣、盜竊普通發票等違法活動；負責納稅服務、日常稅源基礎管理及其綜合制度、辦法的制定；貫徹上級關於稅務代理方面的監督、管理、指導工作。
（六）進出口稅收管理科
負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的審核、年終清算；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作；配合有關部門組織實施反騙稅檢查。
（七）人事教育科 （離退休幹部科）
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、獎懲、考核、錄用、調配、交流、辭退、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務、等人事管理工作；負責計劃生育管理工作；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔工作；負責本局思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理及其實施工作。
離退休幹部辦公室負責本局離退休幹部的管理和服務工作。
（八）監察室
負責本局各級工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和黨風廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報的受理、核查工作；負責本級管理的幹部違法違紀案件的查處；按照管理權限負責領導幹部的離任審計工作。
（九）辦稅服務廳
負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、稅法宣傳、金稅發售、報稅稽核、咨詢輔導和受理減免申請及有關優惠政策申請等；承辦領導交辦的其它工作。
另設機關黨委辦公室，負責本局的黨務、工會、***青團、婦聯等工作。