財務會計和稅法遵循不同的原則，服務於不同的目的，體現著不同的經濟關系。財務會計要遵循壹般會計原則，符合會計的有關概念以及會計準則對實務的要求；其目的是為了全面、真實、公允地反映企業的財務狀況、經營業績以及資金變動情況，為會計報表的使用者提供有用的財務信息，為投資者、債權人、企業管理者進行決策提供可靠的依據。稅法是以征稅為目的，根據經濟合理、公平稅負、促進競爭的原則，依據有關稅法，確定壹定時期內納稅人的應納稅所得額，並據以征稅。
財務會計和稅法的根本差別在於確認收入實現和費用支出的時間，以及費用支出的範圍和標準不同。由於財務會計是按照壹般公認的會計準則核算收入、費用、利潤、資產和負債；稅法是按照國家制定的法律規定確認收入、費用、利潤、資產和負債，因此，按照財務會計方法計算的會計收益與按照稅法規定計算的應稅收益之間結果不壹定相同。
二者最主要的差異是：
1.目標不同。
所得稅會計依據公平稅負，方便經營的要求，根據國家政治權力的需要確立納稅所得範疇，對可供選擇的會計方法必須有所約束和控制，在所計算的企業利潤中超過稅法扣減成本、費用範圍規定的支出要依法納稅。而財務會計按照會計的收入和成本的實現原則，配比原則，客觀性原則和資產所有者的要求，著重反映企業的獲利能力和經營績效，反映某壹時期收支相抵後的利潤總額。因而二者在確認會計收益上存在差異。
2.計量所得的標準不同。
所得稅會計和財務會計的最大差異在於確認收益的實現時間和費用的可扣減性不同。稅法是按照收付實現制和權責發生制混合計量所得，對某些依照會計原則而確認的收益允許在納稅時予以扣減。而財務會計計算收益的原則主要采用權責發生制，不管當期是否客觀實現了現金的流進或流出。由此而產生的收益確認的概念和標準不同，成為所得稅會計和財務會計的又壹分歧點。
3.核算依據不同。
所得稅會計依據現行稅法規定計算納稅所得，財務會計則以會計準則計算會計所得。
從現代會計學科觀點來看，所得稅會計和財務會計的關系問題實質上就是稅法與會計的關系問題，核心也就是納稅所得與會計所得的關系問題。