按照增值稅的規定，生產免稅商品所消耗的原材料進項稅是不能抵扣的，即這部分進項稅要轉出，計入成本。但在外購項目壹部分用於應稅項目，壹部分用於免稅項目的情況下，壹般認為比較科學的方法是采用銷售比例法，即以免稅項目銷售額占總銷售額的比例來計算分配應轉出的進項稅額。會計分錄如下:
借方:主營業務成本
貸:應交稅費-應交增值稅(轉出進項稅)
根據《增值稅專用發票管理條例》，除國家另有規定外，不得為銷售免稅項目開具專用發票。有人認為免稅項目在核算時不產生應納稅額的抵免。但從稅收原理來說，增值稅是對商品生產和流通各環節的增加值或附加價值征稅。免稅物品在流通過程中仍會有增值，即仍有納稅的義務，而免稅則意味著國家不會收取本應收取的用於特定目的的稅款，作為對納稅人的“補貼”；而且增值稅的稅負是轉移的，納稅人和負納稅人可能不是同壹主體。所以這裏的免稅只能是針對納稅人的，而負納稅人不壹定享受這個優惠。即納稅人銷售免稅物品，雖然不能開具增值稅專用發票，但開具給買方的普通發票的金額應為銷售銷項稅額合計，按照合計金額收取款項。如果不向買方收取銷項稅，納稅人的“補貼收入”從何而來？因此，會計分錄如下:
借方:銀行存款或應收賬款。
貸款:主營業務收入(不含稅收入)
應交稅費-應交增值稅(銷項稅)
同時將銷項稅額中的金額結轉為應免稅額，會計分錄為:
借:應交稅金-應交增值稅(減免稅)
貸款:主營業務收入
之所以這樣處理，是因為《企業會計準則應用指南第16號——政府補助》第二條第三款明確規定:“稅收優惠除退稅外，還包括直接減稅、免稅、增加稅收扣除和部分稅收抵免。此類稅收優惠不直接向企業無償提供資產，不作為本準則規定的政府補貼。”據此，我們可以確定，直接免征增值稅的優惠待遇不能按照政府補貼來核算。剔除“政府補助”的會計處理後，仍沒有相關的指導性文件明確此類稅收優惠的會計處理。所以在會計處理上還是有兩難的。根據《企業會計準則第65438號+04-收入》對收入的定義:“收入是指企業在日常活動中形成的、會增加所有者權益的、與所有者投入資本無關的經濟利益的總流入”。享受直接免征增值稅的企業所形成的經濟利益的流入，應完全符合收入的定義，故應納入收入範疇。財政部會計司司長劉玉婷同誌對收入和費用的定義是:“收入或費用突出日常活動，只有企業日常活動形成的經濟利益的流入或流出才構成營業收入或成本，非日常活動形成的經濟利益的流入或流出屬於利得或損失，計入營業外收入或費用。”根據本段對收入的明確定性分類，不難看出，企業免征增值稅形成的收入與企業的日常活動密不可分。因此，免征增值稅的收入應計入企業的“營業收入”，是“主營業務收入”。
二、如果納稅人銷售的物品全部免征增值稅。
如果納稅人銷售的物品都是增值稅免稅物品，有兩種情況:
1.如果納稅人在開始購買時沒有準備或明確使用免稅項目的貨物或服務，在生產過程中改變了用途，最終全部用於免稅項目，即納稅人對外銷售的全部為免稅項目，其會計處理可參照第壹種情況進行。
2.如果納稅人在采購時明確要將貨物或勞務用於免稅項目的生產或銷售，則采購項目的進項稅額應計入采購成本，因此不存在進項稅額轉移和減免稅等問題。