1、職稱不同。部隊文職會計師是中級職稱，助理會計師是初級職稱。
2、考試科目不同。部隊文職會計師考《經濟學類基礎綜合》以及《會計類專業知識》，助理會計師考《經濟法基礎》和《初級會計實務》兩門科目，考試科目不壹樣。