保持零余額的方式是在日常營業時間(國庫單壹賬戶系統啟動時間為每天上午9: 00)通過該賬戶支付財政支出，營業時間結束時(國庫單壹賬戶系統關閉時間為每天下午15: 30)，該賬戶和國庫單壹賬戶將被清算，實現零余額。
預算單位零余額賬戶只能用於支付業務，單位自有收入、經營收入、當期收入等非財政性資金不得進入本單位零余額賬戶。
擴展數據零余額賬戶開立方法:
省級預算單位和無主管部門的行政事業單位填寫銀行賬戶審批表報送省財政廳(基層預算單位填寫銀行賬戶審批表報送主管部門，主管部門同時填寫財政授權支付銀行賬戶匯總申請表，連同基層預算單位銀行賬戶審批表壹並報送省財政廳)。
《銀行開戶審批表》經省財政廳審核後，報送中國人民銀行，中國人民銀行按規定發放開戶許可證。預算單位持開戶許可證，在省財政廳確定的代理行分支機構內自主選擇預算單位零余額賬戶的開戶銀行，辦理零余額賬戶開戶和預留印鑒手續。
改革實施前預算單位撥付的資金繼續使用，在原銀行賬戶核算；原賬戶中用於相關用途的財政資金用完後，按規定從預算單位新開立的零余額賬戶中使用相關資金。
百度百科-零余額賬戶