中心內設機構6個：
辦公室、計劃會計科、稽查科、征收管理辦公室、信息技術管理科、營業部 ；
派出機構7個：
市區管理部、高技術開發區管理部、經濟技術開發區管理部、榮成管理部、文登管理部、乳山管理部、石島管理部，其具體職能如下：
（壹）辦公室。協助中心領導對日常工作進行綜合協調和督促、檢查；負責中心文秘、機要、檔 案 、信息、接訪、保密、保衛工作；負責有關綜合性材料的起草、重要會議的組織等工作；負責中心財務、統計和國有資產管理工作；負責中心目標責任制考核工作；負責中心人事、勞資管理工作；負責中心黨建和精神文明建設工作；負責中心公***事務和後勤保障工作；組織開展中心的對外合作與交流。
（二）計會科。負責全市公積金財務會計管理政策的擬定、實施、檢查、指導工作；負責住房公積金會計核算工作；負責公積金年度財務收支計劃及財務報告的編制、分析、說明工作；負責會計、統計報表的編制工作；負責向住房公積金管理委員會報告公積金預算、決算、增值收益分配、呆壞賬核銷方案等材料的擬定工作；負責中心資金調度管理工作；負責會計檔案的審核、整理、歸檔工作。
（三）稽查科。負責行政執法責任制實施工作；對中心內部機構執行財經法規、業務政策情況的日常監督工作；監督、稽查各管理部行政執法情況；立案、查處單位或個人對公積金信訪舉報案件；擬訂定期或專項檢查方案，組織實施，匯報稽查結果；檢查處理決定的擬訂、落實、反饋；匯集整理職工群眾反映的熱點、重點問題，擬定相應的完善措施、管理辦法；會同有關科室指導、監督各管理部按照規定操作各項住房公積金業務。
（四）信息技術科。落實市政府信息化考核工作；擬定信息化業務相關規章制度，組織實施、指導、協調、監督檢查；依托信息網絡系統對業務運行、資金使用方向等進行監督，預警工作；負責管理信息系統軟件的開發、維護、更新、升級工作；組織計算機硬件、軟件購置計劃的編制及設備招投標；負責計算機硬件設備的調配、檢查維護、使用管理工作；建設和維護工作中心業務生成網、內部辦公網和公眾服務網；負責計算機信息管理系統的安全、保密工作；負責政府信息公開工作；完成住房公積金年度結息工作；擬訂和執行計算機培訓工作計劃；組織信息技術調研；系統數據定期備份和技術檔案的建立與保密管理。
（五）征收管理辦公室。組織征收管理業務調研，協助辦公室擬訂全市公積金征管業務政策規定；負責市區範圍內單位的住房公積金征收、催繳工作；協助計會科工作；督促、檢查、指導各管理部的征收管理工作；負責信訪案件處理工作；負責行政執法工作。
（六）營業部（貸款科）。組織提取、貸款管理業務調研，協助辦公室擬訂全市公積金提取、貸款業務政策規定；負責辦理市區範圍內單位職工的住房公積金貸款管理工作；協助計會科工作；負責指導、監督各管理部的公積金貸款、提取業務工作；負責職工住房公積金提取審批工作；負責管轄範圍內單位的行政審批、行政許可窗口服務工作。
（七）各管理部。市區管理部負責管理市直和環翠區區域內各類單位的住房公積金業務工作，高區管理部、經區管理部及榮成、文登、乳山、石島管理部分別負責管理各自區域內的各類單位，包括中央、省、市及外地駐在單位的住房公積金業務工作。具體職責有：
負責所轄區域內各類單位的住房公積金征收、催繳工作；負責行政執法；負責辦理所轄區域內單位職工的住房公積金貸款管理工作；按期核算各項收入、支出，並按時編制、上報有關報表；負責信訪案件的處理；負責所轄區域內各類單位職工住房公積金提取審批、支付工作；負責各自公積金業務會計檔案、貸款檔案的整理、歸檔工作；負責管轄範圍內單位的行政審批、行政許可窗口服務工作；管理市中心下撥的日常辦公經費；負責所使用資產、運行設備安全維護和日常保養工作；定期組織本部門工作人員政治理論、業務學習；完成領導交辦的其他工作。