學院現設有海關管理系、海關經濟系、海關法律系、海關外語系、公共基礎教育系等五個教學部(系)。設置管理、經濟、法律、文學等6個本科專業和4個專科專業。其中，法學和稅務分別是教育部第二批和第三批高校特色專業建設點。目前全日制在校生1，743人。學院的主要任務是立足海關，培養符合海關事業發展要求的復合型、應用型人才；面向社會，培養符合經濟社會發展要求的經貿、物流、報關等專業人才；積極開展海關理論研究和國際交流。同時，學院承擔海關系統中高級幹部的繼續教育、知識更新和業務培訓任務；根據世界海關組織(WCO)的分工和亞太地區國家和地區的要求，將逐步承擔本地區海關人員的培訓任務，並履行相應的國際義務。
學院有專任教師137人，其中教授19人，副教授36人。高級專業技術職務教師比例為40%，碩士及以上學歷教師比例為68%。師資隊伍結構合理，教學科研水平高。學院設立海關管理研究所和海關國際問題研究中心，緊密結合海關改革發展和雙邊、多邊、區域海關國際合作面臨的熱點、難點問題開展科學研究，出版《上海海關學院學報》。
高校綜合素質教育和準軍事化管理貫穿人才培養的全過程，實行綜合評價制度，重視學生的全面發展。近年來，學院以教學、科研、培訓為中心，始終把提高人才培養質量作為根本任務，在加強學科專業建設、提高教學質量、實施以德育為核心的全面素質教育、培養學生實踐能力和創新精神等方面不斷深化改革，努力培養海關等國家機關和社會需要的高素質專業人才。
學院位於上海浦東新區，占地面積521畝。按照教育部規定的標準，學院擁有現代化的教學樓、圖書館和先進的ATM校園網，教室配備了多媒體教學條件。還設有數字閱覽室、視聽室、娛樂綜合大樓、網球場、遊泳池、健身房等配套設施，為學生創造良好的學習生活環境。[編輯此段]現任領導鄭建民:上海海關學院黨委書記，二級關務主管。
肖建國:上海海關學院黨委副書記、副院長(主持工作)，海關三級監管。主持全面行政工作，分管辦公室、人事部、財務設備部和圖書館。
王培榮:上海海關學院黨委委員、紀委書記、二級海關監管。分管政工室、監察室、基建室。
丁:上海海關學院黨委委員、副院長，海關三級監管。分管學生處(團委)、培訓部(國際交流部)、後勤保障部、工會。
施良平:上海海關學院黨委委員、副院長，海關三級監管。分管教務處、管理部、經濟部、法律部、外語系、基礎部。
陳暉:上海海關學院黨委委員、院長助理、二級關務督察。分管科研部(研究所)和科技司。【編輯此段】本科招生法學(海關法方向)
培養目標:培養知識面廣，掌握法學基本理論和知識，熟悉中國法律法規、海關法規，具有較強的法治意識和依法行政意識，在海關、司法、行政機關或經貿企事業單位從事法律工作的高級專門人才。
要求學生具有法律思維，掌握法學的基本原理和分析方法，具備運用法學理論和方法分析和解決問題的基本能力；熟悉現代海關管理制度，掌握海關法及相關法律法規，熟悉海關業務流程，了解海關國際公約和慣例，具有較強的海關現場執法能力；具有較強的實際工作能力和壹定的科研能力；精通英語，具有較強的語言表達能力和計算機綜合應用能力。
主要課程:法理學、憲法學、刑法、民法、經濟法、商法、刑事訴訟法、民事訴訟法、行政訴訟法、國際法、國際經濟法、國際私法、知識產權法、海關法、比較海關法、海關國際法、海關緝私等。就業前景:畢業生可在政法部門、國家機關、企事業單位、高等院校從事審判、檢察、律師、法律顧問、行政管理、企業管理等相關工作以及法學教育和研究。稅收(關稅方向)
培養目標:培養掌握經濟學、財稅法的基本理論和方法，海關稅收的專門理論和知識，熟悉現代海關管理制度、國際海關公約、慣例和相關法律法規，在海關、金融、稅務、國際貿易等經濟管理部門和企業從事相關工作的高級專門人才。要求學生掌握經濟、金融、稅收和國際貿易的基本理論和知識；熟悉海關稅收及相關業務的基本理論、政策、制度、法律法規，具備綜合運用所學知識從事相關業務的基本技能和技巧；具有較強的實際工作能力和壹定的科研能力；精通英語，具有較強的語言表達能力和計算機綜合應用能力。主要課程:經濟學、國際貿易、金融、稅收、國際稅收、稅收管理、關稅理論與政策、關稅制度、海關估價、海關商品歸類、原產地規則、海關商品鑒定與檢驗技術等。就業前景:畢業生可在政府部門工作，如財政、稅務、海關、法院等，也可在企事業單位、會計師事務所、財務(稅務)咨詢公司從事稅務籌劃、代理、咨詢、財務決策等相關工作。物流管理(海關監測和貿易安全方向)
培養目標:培養適應社會主義現代化建設需要，德、智、體、美全面發展，具有海關物流監控與貿易安全、國際物流、國際貿易等方面的理論知識和專業技能，能夠在海關、物流企業、國際貿易企業從事相關工作的高級專門人才。要求學生掌握經濟學、管理學、海關物流監控與貿易安全、國際物流與國際貿易的基本理論和知識；熟悉海關物流監控和貿易安全、國際物流和國際貿易，具備綜合運用所學知識從事相關業務的基本技能和技巧；了解本學科的理論前沿和發展動態，掌握文獻檢索和資料查詢的基本方法，具有較強的實際工作能力和壹定的科研能力；精通英語，具有較強的語言表達能力和計算機綜合應用能力。主要課程:經濟學、物流管理、供應鏈管理、國際貨物運輸、海關風險與客戶管理、海關監管、國際貿易實務、統計學、海關商品分類、海關估價、海關法、知識產權與海關邊境保護、京都公約、國際物流與海關管制、WCO貿易安全與便利實務等。就業前景:畢業生可在政府機關、咨詢公司從事物流管理工作，也可在工商企業、物流企業從事進出口貿易的物流規劃、營銷、運營、電子商務、物流運作等相關工作。管理(海關管理方向)
培養目標:培養掌握行政管理基本理論和知識，了解我國行政管理體制和機制，了解行政管理理論前沿和發展趨勢，掌握行政管理基本研究方法和技術，在海關或經貿企事業單位從事行政管理工作的高級專門人才。要求學生掌握行政管理的基本原理和分析方法，具備運用行政管理理論和方法分析和解決問題的基本能力；熟悉現代海關制度，掌握海關管理的基本理論和方法，熟悉海關管理的基本業務規範，具有較強的海關業務能力，了解國際通行的海關管理業務規範；具有較強的實際工作能力和壹定的科研能力；精通英語，具有較強的語言表達能力和計算機綜合應用能力。主要課程:政治學原理、西方行政理論史、中國當代行政制度、比較政治制度、比較公共行政、公共政策、國家公務員制度、管理學原理、公共管理、組織行為學、行政領導、海關管理、人力資源開發與管理、海關監管、關稅理論與制度、海關統計、海關風險管理、海關行政管理。就業前景:畢業生可在國家機關、企事業單位、社會團體、社區從事行政管理、人事管理、外事管理、文秘工作、決策咨詢、政策研究等相關工作。審計(海關檢查方向)
培養目標:培養掌握管理、會計、審計基本理論和方法，具備海關企業稽查、海關風險管理、海關企業管理等理論知識和專業技能，能夠在海關或經貿企事業單位從事相關工作的高級專門人才。要求學生掌握管理學、會計學、審計學的基本理論和知識；熟悉海關稽查及相關業務，具備綜合運用所學知識從事海關稽查業務的基本技能和技巧；了解本學科的理論前沿和發展動態，具有較強的實際工作能力和壹定的科研能力；精通英語，具有較強的語言表達能力和計算機綜合應用能力。主要課程:會計學、財務會計、成本會計、財務管理、內部控制、審計學、海關法、稅法、海關稽查、海關風險管理、海關企業管理、海關制度、海關商品歸類、海關估價、海關統計。就業前景:畢業生可在政府審計部門、司法機關從事審計檢查鑒定工作，或在會計師事務所、律師事務所、資產評估公司等中介機構從事審計服務、咨詢工作，或在跨國公司、企事業單位從事內部審計、會計等相關工作。國際商務(通關方向)
培養目標:培養能夠掌握國際商務的基本理論和知識，掌握國際商務通行的法律和規則，掌握大型通關業務，在各類工商企業、跨國公司、事業單位和政府部門從事國際商品和資金流動業務及其管理，特別是通關管理(海關評估管理、海關咨詢與策劃)的復合型、應用型高級專門人才。要求學生具備紮實的國際商務理論知識和較強的國際商務管理能力；熟悉相關業務和國際商務法律法規，具備綜合運用所學知識從事相關業務的基本技能和技巧；了解本學科理論前沿的發展趨勢，掌握文獻檢索和資料查詢的基本方法；具有較強的實際工作能力和壹定的科研能力；精通英語，具有較強的語言表達能力和計算機綜合應用能力。主要課程:經濟學、管理學、國際貿易、國際貿易實務、國際金融、國際投資、國際結算、國際商務英語、物流管理、國際貨物運輸、通關原理與實務、海關商品歸類、海關估價。就業前景:畢業生可從事報關、進出口業務、商務談判、商檢、國際投資等國際貿易實務工作。在各種工商企業，或從事國際采購，物流管理等。在外企，或在國家行政機關、企事業單位從事企業管理等相關工作。[編輯此段]專業應用英語(商務英語)
培養目標:培養具有紮實的英語語言基礎，熟悉國際貿易和國際貨代基本知識，能在外貿、物流、外事等部門從事翻譯、商務、文秘工作的應用型專門人才。
學生應掌握英語語言的基本知識和技能，達到英語專業四級水平，具有壹定的跨文化交際意識和較強的實踐能力；熟悉外貿和國際貨運代理的基本業務知識；熟悉第二外語；較強的中外文表達能力和計算機綜合應用能力。
主要課程:綜合英語、英語閱讀、英語聽力、英語口語、英語語法與寫作、英語口譯、高級英語、翻譯理論與實踐、跨文化交際、外貿英語函電、商務英語閱讀、商務英語會話、實用文本翻譯、第二外語、國際貿易實務、國際金融等。
就業前景:畢業生可在外貿公司、外資企業從事商務翻譯、企業管理、國際貿易實務、秘書助理、涉外導遊等相關工作。