按照內部控制嚴重程度分類：
(1)重大缺陷
重大缺陷也稱實質性漏洞，是指壹個或多個控制缺陷的組合，可能嚴重影響內部整體控制的有效性，進而導致企業無法及時防範或發現嚴重偏離整體控制目標的情形。
(2)重要缺陷
重要缺陷是指壹個或多個壹般缺陷的組合，其嚴重程度低於重大缺陷，但導致企業無法及時防範或發現嚴重偏離整體控制目標的嚴重程度依然重大，需引起管理層關註。例如，有關缺陷造成的負面影響在部分區域流傳，為公司聲譽帶來損害。
(3)壹般缺陷
是指除重要缺陷、重大缺陷外的其他缺陷。
1.設計缺陷和運行缺陷。簡單地說，設計缺陷主要是指與內部控制相關的制度建設不完善，如企業的機構設置存在缺失或重復的現象、各崗位之間的職責權限沒有進行明確劃分等。運行缺陷主要是指現有制度因為種種原因沒有按照設計意圖運行，如企業審計委員會無法有效發揮對內部控制的監督作用、“三重壹大”的決策程序不符合規定等。
2.壹般缺陷、重要缺陷和重大缺陷。重大缺陷是可能導致企業嚴重偏離控制目標的壹項或多項控制缺陷的組合，如董事、監事和高級管理人員舞弊，重要業務缺乏制度或制度系統失效等。重要缺陷是可能導致企業偏離控制目標的壹項或多項控制缺陷的組合，其影響程度低於重大缺陷，如民主決策程序存在但不完善、關鍵崗位業務人員流失嚴重等。壹般缺陷，是指除重大缺陷、重要缺陷之外的其他控制缺陷，如決策程序效率不高、內部控制壹般缺陷未得到整改等。
3.財務報告內部控制缺陷與非財務報告內部控制缺陷。財務報告內部控制缺陷是指在會計確認、計量、記錄和報告過程中出現的，會對財務報告的真實性及完整性產生直接影響的控制缺陷，如存貨盤查後未按要求簽名確認、企業固定資產臺賬變更記錄更新不及時等。非財務報告內部控制缺陷是指雖然不會直接影響到財務報告的真實性及完整性，但是會對企業經營管理產生不利影響，如企業文化建設不完善、企業技術人員的大量流失等。