壹、是由於設置雙重的核算體系，加大了日常賬務處理的工作量，造成重復性勞動；
二、是由於兩個彼此具有相互聯系的核算內容相互脫節，使得兩套數據缺乏直接聯系，因而難以說明責任成本差異對產品實際成本有哪些影響，也難以說明產品實際成本以及與此相聯系的實際利潤形成過程的責任歸屬。
不利於企業管理當局將企業的整個財務狀況、經營成果和各責任中心的責任考核相結合，進行綜合分析。因此，雙軌核算壹般只適用於實行責任會計的初期采用。