1.憑證審核方法的更改。傳統紙質原始憑證通常是專用發票，有水印、加密、簽名、蓋章等防偽措施，但這些防偽特征容易被模仿，電子原始憑證的真實性由電子簽名等技術保證，並由計算機系統審核，獨立於第三方，使得電子原始憑證的審核更可靠、更快捷；
2.憑證錄入方法的更改。當憑證內容錄入會計信息系統時，會計信息系統自動接收電子原始憑證中的內容，並根據憑證內容自動添加便於深加工的標誌，形成原始憑證庫。只有自動接收存儲，才能充分發揮電子原始憑證易復制、易傳輸的優勢，提高記賬效率。