1，對象的對稱不同。單獨核算是從核算內容上進行區分引出的結果，對稱於壹般核算，如專款專用，不得挪用，故要對專款進行單獨核算；獨立核算是非獨立核算的對稱，如不用把本單位業務經營活動有關的日常業務資料逐日或定期報送上級單位、由上級單位進行核算。
2，適用範圍不同。單獨核算是針對不同業務而言，是在每個單位法定賬簿之內對特定業務（壹般是稅務上的要求）進行明細核算。獨立核算是針對不同會計主體而言的，每個單位有且只能有壹套法定賬簿。
3，描述對象不同。單獨核算是對核算方式的表述，獨立核算是對某壹主體核算能力的表述。
擴展資料：
單獨核算是指《農業企業財務制度》規定，農業企業對內部各種類型的農業承包單位，包括家庭農場在內，以及農業企業所屬的工業、商品流邇業、運輸業、建築業、服務業等也應賦予相對獨立的經營自主權，並據以劃分劃小核算單位，部分所屬企業還可單獨向銀行開戶，辦理存貸業務。
獨立核算是“非獨立核算”的對稱。對本單位的生產經營活動或預算執行過程及其結果進行全面的、系統的會計核算。凡具有壹定數額的資金，可對外辦理結算，獨立編制計劃，單獨計算盈虧的企業，壹般都實行獨立核算。實行獨立核算的單位稱為“獨立核算單位”。
獨立核算單位通常單獨設置會計機構，配備必要的會計人員，並具有完整的會計工作組織體系，包括所使用的會計科目，會計憑證和帳簿，應編制的會計報表以及進行分析和檢查的方法與程序等。
參考資料：
百度百科-獨立核算