新的政府會計制度要求財政會計和預算會計並行記賬模式。財務會計反映單位的經濟財務狀況，預算會計反映單位預算的執行進度，兩者相輔相成。比如納入部門預算管理的現金收支業務，應在財務核算的同時編制預算會計分錄，而暫收暫付等不涉及預算資金的業務，則不需要進行會計處理。再比如固定資產。新制度實施前，購置的固定資產成本直接計入支出，每年的固定資產折舊只是虛構的非流動資產資金核銷。
但新制度要求固定資產只有在購置時才計入預算支出，折舊時計入成本費用，客觀真實地反映了購置固定資產對預算支出和成本費用的影響，充分反映了資產的價值。
將本年盈余與本年預算余額的差額納入本年預算余額與本年盈余差額調節表，以加強財務會計與預算會計的內在聯系。財務會計費用與預算會計費用不匹配的問題，可以通過“差異項目”輔助核算、“待處理預付款項”等科目解決。