財政部1997年6月頒布的《財政總預算會計制度》設置“預算結余”科目對預算結余進行核算。
年終，財政部門應將全年的“壹般預算收入”、“補助收入--壹般預算補助”、“上解收入”、“調入資金”等科目的期末貸方余額，轉入“預算結余”科目的貸方，即，借記“壹般預算收入”、“調入資金”等科目，貸記“預算結余”；
將全年的“壹般預算支出”、補助支出（壹般預算補助）、上解支出等科目的期末借方余額，轉入“預算結余”科目的借方，即，借記“預算結余”科目，貸記“壹般預算支出”、“補助支出--壹般預算補助”、“上解支出”等科目。
經本級政府批準，從本級政府預算結余中設置或補充本級預算周轉金時，按設置或補充數額，借記“預算結余”科目，貸記“預算周轉金”科目。
“預算結余”科目的年終貸方余額，反映本年的預算滾存結余（含尚兌付的有價證券），轉入下年