65438至0983年，鐵道部將武漢鐵路局和Xi鐵路局整體並入鄭州鐵路局。
2005年3月18日零時起，鐵道部撤銷全國15鐵路局所轄全部41鐵路分局。
原鐵路分局管轄的車站單位直接劃歸鐵路局管轄。
撤銷鄭州鐵路局下屬的6個鐵路分局:鄭州鐵路分局、洛陽鐵路分局、Xi安鐵路分局、安康鐵路分局、武漢鐵路分局、襄樊鐵路分局，分別更名為鄭州鐵路辦事處、洛陽鐵路辦事處。
原Xi鐵路分局和安康鐵路分局合並，組建新的Xi鐵路分局；原武漢鐵路分局和襄樊鐵路分局合並，組建新的武漢鐵路局。
2008年底，根據鐵道部確定的機構編制標準，鄭州鐵路局在限額內設置了22個職能部門:運輸部、客運部、貨運部、機務部、車務部、工務部、電務部、安全監察室、辦公室(也稱“鄭州鐵路局黨委辦公室”)、總工程師辦公室、企管法律事務辦公室、計劃統計辦公室、財務室、審計局、收入監察室、人事處(也稱“鄭州鐵路局黨委組織部”)
超限額設置5個職能機構:調度室、社會保險管理處、多種經營管理委員會辦公室、集體經濟辦公室、退休管理處(退伍軍人部、退休工人管理委員會辦公室、關心下壹代工作委員會辦公室)，共有職工472人。
鐵路局下設鄭州鐵路辦、洛陽鐵路辦兩個機構，總編制140人。
下設3個學會和協會:河南鐵道學院秘書處、鄭州鐵路局企業管理協會秘書處、鄭州鐵路局財務會計協會秘書處，共6名工作人員。
部管所屬事業單位27個:鄭州鐵路局機車檢驗所、鄭州鐵路局車輛檢驗所、鄭州鐵路局工務檢驗所、鄭州鐵路局電務檢驗所、鄭州鐵路局客票管理處、鄭州鐵路局機要傳達室、鄭州鐵路局檔案檔案室、鄭州鐵路局法律服務所、鄭州鐵路局合資及地方鐵路管理處、鄭州鐵路局客貨運輸統計所、 鄭州鐵路局預算審查院、鄭州鐵路局節能監測站、鄭州鐵路局資金結算處、鄭州鐵路局財務集中核算管理處、鄭州鐵路局收入稽查大隊、鄭州鐵路局審計局、鄭州鐵路局勞動調整站、鄭州鐵路局職業技能鑒定指導站、鄭州鐵路局衛生監督站、鄭州鐵路局人才交流站、鄭州鐵路局工程質量監督站、鄭州鐵路局函授站、 鄭州鐵路局土地管理處、鄭州鐵路局房產管理處、河南鐵路林業局、鄭州鐵路局特種設備檢驗所、鄭州鐵路局民兵武器裝備倉庫。
其他附屬機構6個:鄭州鐵路局企業自備車輛管理處、鄭州鐵路局歸集結算處、鄭州住房公積金管理中心鐵路分中心、鄭州鐵路局價格管理處、鄭州鐵路局職工集資建房管理處、鄭州鐵路局物資設備招標處、鄭州鐵路局設計院、鄭州鐵路局分管理處、鄭州鐵路局工程管理處，總編制143人。
截至2008年底，該局黨委有4個職能機構，其中有2個由黨委和管理局共同編制，即該局黨委組織部與該局人事處合署辦公；該局黨委辦公室與該局辦公室合署辦公，同時掛有保密、保密標誌。
黨委掛牌的有1，即局黨委宣傳部，與企業文化部合署辦公，同時掛職工思想政治工作研究會、精神文明建設辦公室、統戰工作辦公室的牌子。
管理局編制1，即該局人武部與該局人防戰備部合署辦公。
設立政法辦公室(綜治辦)。
黨委和部門管理的所屬部門有1個，即地方有線電視臺。
鄭州鐵路局黨校(局幹部學校)、中原鐵道報受局黨委領導。
全世界有67個基層單位，包括:31運輸站；36個非運輸單位；有235個車站。