根據《企業會計準則第20號——企業合並》，同壹控制下的企業合並的，應當按照合並日取得的被合並方的資產和負債在被合並方的原賬面價值確認；合並方對在合並中取得的被合並方凈資產的賬面價值與支付的合並對價的賬面價值之間的差額，調整資本公積(資本溢價)，資本公積(資本溢價)不足沖減的，調整留存收益；合並方為企業合並而發生的與企業合並直接相關的各項費用，包括為企業合並支付的審計費用、評估費用和法律服務費，在發生時計入當期損益(管理費用)；為企業合並發行債券或其他債務支付的手續費及傭金，計入發行債券和其他債務的初始計量金額。企業合並中發行權益性證券發生的費用和傭金，應當從權益性證券的溢價收入(資本公積)中扣除，溢價收入不足抵扣的，應當從留存收益中扣除。
根據《中華人民共和國國家稅務總局關於企業股權投資業務若幹所得稅問題的通知》(國稅發[2000]118)，企業合並的稅務處理分為應稅合並和免稅合並。應稅合並是指通常情況下，被合並企業應視為以公允價值轉讓和處置全部資產，計算資產轉讓所得，依法繳納所得稅，被合並企業接受被合並企業相關資產的納稅。免稅合並是指被合並企業向被合並企業或其股東支付的高於所支付股權面值20%的非股權支付。經稅務機關審核確認，當事人可以選擇免稅處理，即被合並企業不確認全部資產轉讓產生的利得或損失，不計算繳納所得稅。被合並企業的股東以其持有的原被合並企業的股份換取被合並企業的股權，不視為賣老股買新股。免稅合並下，被合並企業對被合並企業全部資產的接受，必須以被合並企業的原賬面凈值為基礎確定。
因此，當被合並企業向被合並企業或其股東支付的非股權支付高於所支付股權面值的20%時，會計上確認的資產和負債的入賬價值等於稅法上確認的資產和負債的計稅基礎，不會出現暫時性差異。但是，當應稅合並或被合並企業支付的非股權支付高於所支付股權面值的20%時，會計上確認的資產和負債的入賬價值等於稅法上確認的資產和負債的計稅基礎。
二是非同壹控制下企業的吸收合並
根據《企業會計準則第20號——企業合並》，非同壹控制下的，合並方應當按照合並日取得的各項可辨認資產和負債的公允價值確認為入賬價值。合並方應當以合並對價、發生或承擔的負債和發行的權益性證券作為合並成本，確認資產的公允價值。合並方因企業合並而發生的所有直接相關費用也計入企業合並成本。包括購買日有合並對價的非貨幣性資產的公允價值。合並成本與可辨認凈資產公允價值的差額確認為商譽，合並成本與可辨認凈資產公允價值的差額作為合並當期損益(營業外收入)。
對於非同壹控制下的企業合並，所取得的可辨認資產和負債的計稅基礎的確定方法與同壹控制下的企業合並相同。
對於根據所取得的可辨認資產和負債的公允價值確認的記錄價值與稅法確認的所取得資產和負債的計稅基礎之間的差額所產生的暫時性差異，確認遞延所得稅資產或遞延所得稅負債。