依據《七定方案》，中心內設機構為：1、辦公室（首問服務科、住房公積金管理委員會辦公室）；2、計劃財務科；3、歸集執法科；4、信貸管理科；5、信息技術科；6、審計稽核科；7、市區營業部；中心黨總支；紀檢監察室。具體如下：
壹、辦公室（首問服務科、住房公積金管理委員會辦公室）
承擔市住房公積金管理委員會日常的會議籌辦和決策事項督辦等工作；協助中心領導處理日常工作；組織協調有關科室草擬住房公積金管理的政策、法規；負責起草、審核、印發中心行政管理的文秘事務；負責中心黨組和行政會議決定事項的督辦及重要活動(會議)的組織安排；負責中心和分支機構的人事、勞資和機構編制工作；負責機關經費年度預(決)算的編制與執行；負責中心網站的日常管理與對外數據信息的發布，社會相關信息的收集、整理、上報工作；負責機要保密、政務信息、檔案管理、印鑒管理、計劃生育、安全保衛、信訪、創建、節能降耗、固定資產等管理工作；承擔相關新聞宣傳和新聞發布工作；負責本系統突發公***事件應急管理工作。
對來訪、來電、咨詢或業務辦理單位和人員實行首問負責制，全程進行協調服務；給予辦事人員明確的的介紹、答疑或指引服務，壹次性告知相關辦事程序；協調相關科室按照程序和承諾辦結時間進行辦理並全程跟蹤督導；對當事人反映問題、請辦事項的處理結果或意見歸檔保存。
二、計劃財務科
編制住房公積金的歸集、使用計劃以及執行情況的報告；負責市本級和分支機構住房公積金的財務管理和統壹核算；擬定住房公積金增值收益分配方案；負責住房公積金及其他住房資金的保值；負責各項業務綜合報表的統計、編報工作;負責中心經濟運行分析；負責中心財務印鑒和重要空白憑證的保管工作；負責各類會計檔案的立卷、上年及當年會計檔案的保管工作；負責對銀行《洛陽市住房公積金金融業務委托協議書》的簽定工作；負責城市區參加房改單位公有住房出售資金及其他住房資金的核算和管理。
三、歸集執法科
負責執行住房公積金年度歸集計劃及制定相應落實措施;負責制定並組織實施住房公積金歸集業務工作規定和操作規程;負責對住房公積金欠繳單位的催建、催繳、執法;負責單位繳存登記及職工住房公積金帳戶設立的審核;承辦單位住房公積金繳存基數、繳存比例的核定及緩繳手續的審批;負責單位住房公積金繳存銀行等基礎信息的管理;負責對分支機構歸集業務的指導、培訓;負責住房公積金歸集業務數據的綜合分析;負責職工涉及歸集事項的投訴接待和處理；負責住房公積金聯名卡的管理；負責城市區單位公有住房資金使用的審核。
四、信貸管理科
負責住房公積金貸款政策的擬定和宣傳；負責執行住房公積金信貸年度工作計劃；負責住房公積金貸款的發放和管理工作；負責貸款業務流程的制訂、培訓、管理和組織實施；負責對合作項目的現場勘察和項目合作協議的簽訂工作；負責對擔保公司、受委托銀行辦理住房公積金貸款業務的協調、監督、檢查工作；負責對分支機構住房公積金貸款業務的指導、培訓工作；負責住房公積金貸款報表的匯總編報、情況統計、運行情況分析；負責逾期貸款的催收和風險資產監管工作。
五、信息技術科
負責編制中心信息化建設中長期發展規劃；負責中心信息化建設項目方案的制定與組織實施；負責中心信息化管理相關規章制度的擬定、組織實施與監督檢查。承擔中心公積金業務系統、辦公自動化系統、網站系統相關硬件與網絡的日常管理、維護工作；對住房公積金業務合作單位信息數據交互工作進行管理;負責信息技術資料檔案的管理與電子數據信息的安全管理；負責信息化設備的調配、維護、使用的管理；負責中心工作人員的信息化技術培訓工作；參與中心信息化設備采購方案的制定及設備的政府招標采購與驗收。
六、審計稽核科
負責制定內部審計工作制度，編制審計工作計劃及實施方案；負責組織制定內部控制評價標準，組織實施住房公積金內部控制評價和風險管理；負責對住房公積金計劃、預算執行情況和資金運用、財務收支、會計核算等實施內部審計和監督檢查；負責對住房公積金政策、法規、制度執行情況和系統數據管理進行監督檢查，並對內部業務管理中的違規、違章事件實施核查；負責組織各業務部門對受托銀行承辦委托事項的監督檢查和考核工作；負責組織對信貸資產保全制度、辦法進行內控評價及貫徹執行情況的監督檢查，並參與貸款呆賬核銷管理工作；負責配合上級審計部門的審計及整改落實工作；負責對中心中層領導及重點部位人員的離任經濟責任審計工作；參與中心年度考核辦法的修訂和考評工作。
七、市區營業部
負責城市區職工住房公積金和住房補貼的登記開戶、繳存信息的變更、匯（補）繳等業務的錄入；負責審批辦理住房公積金和住房補貼的提取和轉移業務；負責住房公積金個人貸款初審以及簽訂住房公積金借款合同；負責住房公積金相關櫃面業務的會計核算工作；負責住房公積金相關政策的咨詢解答和業務查詢工作。
八、洛陽鐵路分中心，偃師管理部、欒川管理部、嵩縣管理部、汝陽管理部、伊川管理部、洛寧管理部、宜陽管理部、新安管理部、孟津管理部、吉利管理部
分支機構依據市住房公積金管理中心的授權，負責本轄區內職工住房公積金的歸集；審批、辦理住房公積金提取；負責住房公積金貸款的受理和初審；負責住房公積金政策的宣傳解答、業務查詢等。
中心黨總支
負責中心機關和分支機構的黨群工作。
紀檢（監察）機構按有關規定設置。