基層醫療機構會計制度取消後改為執行政府會計制度。
基層醫療衛生機構應當按照本規定做好新舊制度銜接的相關工作，主要包括以下幾個方面：
1、根據原賬編制2018年12月31日的科目余額表，並按照本規定要求，編制原賬的部分科目余額明細表。
2、按照新制度及補充規定設立2019年1月1日的新賬。
3、按照本規定要求，登記新賬的財務會計科目余額和預算結余科目余額，包括將原賬科目余額轉入新賬財務會計科目、按照原賬科目余額登記新賬預算結余科目，將未入賬事項登記新賬科目，並對相關新賬科目余額進行調整。原賬科目是指按照原制度規定設置的會計科目。
4、按照登記及調整後新賬的各會計科目余額，編制2019年1月1日的科目余額表，作為新賬各會計科目的期初余額。
5、根據新賬各會計科目期初余額，按照新制度及補充規定編制2019年1月1日資產負債表。
財務會計科目的新舊銜接
及時調整會計信息系統。基層醫療衛生機構應當按照新制度及補充規定要求對原有會計信息系統進行及時更新和調試，實現數據正確轉換，確保新舊賬套的有序銜接。
新制度設置了“應收賬款”科目，該科目包含了原賬的“應收醫療款”科目的核算內容。轉賬時，基層醫療衛生機構應當將原賬的“應收醫療款”科目余額轉入新賬的“應收賬款”科目。