根據合同約定的義務，會計分錄如下:
借:庫存現金/銀行存款。
貸:其他應付款——收付款(運費等。)
實際付款時，
借:其他應付款——收付款(運費等。)
貸:庫存現金/銀行存款。
為了規避稅務檢查的風險，代收代付業務需要在合同中明確約定，合同和結算單據(如運輸公司在代收代付運費過程中向對方出具的運輸發票復印件等。)實際付款時應作為入境單據的附件。