1，兩者意義不同。
同業存款是指金融機構在銀行開立同業存款賬戶，銀行為客戶提供安全、快捷的存取款業務，同時滿足客戶與銀行之間各種業務往來的資金結算需求。這是壹種銀行間業務。
同業存款是指商業銀行存放在其他銀行和非銀行金融機構的存款。這是我國商業銀行的現金資產之壹。
2.它們在性質上是不同的。前者是銀行的負債，後者是銀行的資產。
同業存款是同業業務的壹種。從會計科目分類來看，屬於銀行的負債。同業存款是我國國有商業銀行的現金資產之壹，在會計科目上屬於銀行資產。他們所屬的會計科目還是完全不壹樣的。
3.它們有不同的功能。
從功能上看，同業存款歸根結底是銀行提供的壹種服務。而同業存款只是銀行實施的行為。
擴展數據:
同業存款又稱同業存款，是指同壹銀行及其金融機構存放的存款，是指:
(1)其他金融機構因支付清算和業務合作需要存放在商業銀行的資金。
(二)同業存款是指信用社、財務公司、信托公司等非銀行金融機構辦理的存款業務。是壹種對公存款，利率壹般會有浮動，浮動比例和銀行協商。
同業存款是指:
(1)本科目核算企業(銀行)存放在境內外銀行和非銀行金融機構的資金。
(2)企業(銀行)存放在中央銀行的資金，在“存放中央銀行資金”科目核算。
(3)本科目可根據存款的性質和存入的金融機構進行明細核算。
(4)企業增加同業存款，借記本科目，貸記“存放中央銀行”等科目；減少同業存款，做相反的會計分錄。
(5)本科目期末借方余額，反映同業企業(銀行)存放的各種款項。
參考資料:
百度百科-對等存儲
百度百科-存儲同行業