復旦大學研究生專業有：會計學、臨床醫學、經濟管理、新聞、數學、生物、微電子、醫學。
會計學是商業的語言，通常會計專業的畢業生都會在就讀期間或畢業後參加註冊會計師資格證的考試，美國的CPA和英國的ACCA是目前世界上最大的國際註冊會計師協會，很多畢業生都選擇考取這兩個協會的資格證。
會計學專業畢業生可勝任各類工業企業、商品流通企業、服務業、金融保險機構等部門或單位的出納、會計核算、納稅申報、內部審計、櫃員、客戶經理等工作；也可從事會計師事務所、代理記賬公司、財務公司的會計師助理、會計咨詢服務等職位。
臨床醫學專業是壹門實踐性很強的應用科學專業。它致力於培養具備基礎醫學、臨床醫學的基本理論和醫療預防的基本技能；能在醫療衛生單位、醫學科研等部門從事醫療及預防等方面工作的醫學高級專門人才。
目前絕大多數醫院的發展重點不在擴大規模而是以急需的、具備壹定資歷的專業人才為主,大量接收畢業生的狀況將不存在，因此,臨床醫學專業畢業生就業的難度越來越大。