廣州市海珠區國家稅務局為全職能局，根據工作職責，相應設置內設機構、派出機構和事業單位。 廣州市海珠區國家稅務局內設機構為11個，級別為正科級。
（1）辦公室
擬訂本單位年度工作計劃、有關工作制度；起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項。
（2）政策法規科
組織落實綜合性稅收政策；承擔有關規範性文件合法性審核工作；承辦局外綜合性稅收政策文件會辦工作；承擔重大稅收案件審理工作；辦理行政復議、賠償案件及行政訴訟案件；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查，承擔稅收執法質量考核工作；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作。
（3）稅政科
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等辦法；管理增值稅專用發票；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的具體執行工作；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題。
（4）收入核算科
牽頭編制年度稅收計劃、出口退（免）稅計劃，分配下達年度免抵調庫計劃；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作。
（5）納稅服務科
組織、協調和指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議的調解；承擔12366熱線、網站納稅服務欄目、短信系統的運行管理工作。
（6）征收管理科
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法；組織實施綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣應用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
（7）財務管理科
組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核征稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔本單位基本建設、資產管理、政府采購、著裝管理工作；組織實施財務管理、基本建設項目和領導幹部經濟責任審計工作。
（8）進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退免稅的審核審批、年終清算工作；組織進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合有關部門開展反騙稅工作。
（9）人事教育科
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔管理權限內領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督工作；監督檢查本單位執行幹部人事規章制度情況。組織實施本單位稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育工作規劃、年度計劃，開展培訓質量考核與評估。
（10）監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本單位工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
（11）辦稅服務廳
負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、稅法宣傳、金稅發售、報稅稽核、咨詢輔導和受理減免申請及有關優惠政策申請等。
機關黨委辦公室 負責單位的黨群、黨建工作；承擔思想政治工作和精神文明建設；指導工會、***青團、婦委會工作；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作。
離退休幹部科 承擔本單位離退休幹部的服務和管理工作。 廣州市海珠區國家稅務局根據實際情況設稅務分局7個。稅務分局級別為副處級或正科級。
稅務分局主要職責是稅源管理。 廣州市海珠區國家稅務局事業單位為3個，級別為正科級。
（1）信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔本單位信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本單位信息安全管理與實施。
（2）機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承擔機關辦公用品的采購、保管、分配、維修；參與機關後勤體制改革工作。
（3）票證中心
承擔稅收票證、增值稅專用發票、普通發票的管理工作。