(1)辦公室(信息辦公室)
綜合協調局內政務和事務。負責辦公室文電、會議、宣傳、機要、檔案、信訪、綜治和平安創建、安全保衛、行政管理、後勤服務等工作。；負責本局重點工作、重要行政事項和領導批準事項的協調、督促和檢查；會同有關部門，辦理國家機關、企事業單位工作人員因公出國政審；綜合協調全市人力資源和社會保障信息化建設，牽頭組織局域網、局電子政務應用系統和安全系統的開發、建設、維護和管理；牽頭辦理市人大代表和CPPCC委員的建議；承辦部門政務公開和新聞發布工作；牽頭組織人力資源社會保障目標管理和重點工作目標考核。
(二)組織人事部門(綜合考評部及其處室)
負責局系統黨建工作；負責局機關及所屬事業單位的機構編制、人事管理、工資福利、幹部教育培訓等工作；負責局機關系統的目標責任制管理和績效考核；負責局機關退休人員的管理和服務工作，指導局機關直屬單位退休人員的管理和服務工作。
(3)政策法規司
負責人力資源和社會保障相關政策動態的收集和綜合研究；承擔人力資源和社會保障綜合性規範性文件的起草工作；負責行政許可服務的審批；牽頭辦理行政復議、行政訴訟等相關法律事務；承擔本局規範性文件的合法性審核工作；制定人力資源和社會保障行政執法監督規則；承擔人力資源和社會保障的法制宣傳和執法監督檢查；負責人力資源和社會保障行政執法人員的培訓、考核及相關管理；指導局機關有關學會、協會及其他學會的工作。
(4)計劃財務和資金監管辦公室
擬定全市人力資源和社會保障發展規劃和年度計劃；負責全市人力資源和社會保障統計工作；組織協調重大人力資源和社會保障項目的規劃立項、實施進度安排和項目管理；負責編制本部門的預算草案和決算；負責局機關財務管理、國有資產管理和內部審計工作；負責局機關財政支出項目的績效評價；負責局機關及直屬單位會計人員的培訓和業務指導；負責審核匯總全市社會保險基金預算草案和決算草案並監督執行；參與制定全市社會保障基金(資金)財務管理制度；負責各類專項資金的財務管理；擬定全市社會保險和補充保險基金監管政策；依法監督全市社會保險和補充保險基金的籌集、支付、管理和運營，組織查處重大案件；承辦全市企業年金基金管理合同備案工作；承擔市社會保障監督委員會的具體工作。
(5)就業促進和市場管理辦公室(失業保險辦公室)
制定全市促進城鄉統籌就業的發展規劃和年度計劃；制定促進就業和鼓勵創業的政策；牽頭制定高校畢業生就業政策，參與制定地方高校招生計劃，指導全市高校畢業生就業培訓；擬定全市特殊群體就業援助和總體就業政策；制定境外人員(不含專家)來本市就業管理政策；參與制定就業專項資金使用管理辦法；擬訂失業保險政策、計劃和失業保險基金管理辦法；制定預防和控制大規模失業的政策；擬定全市人力資源市場發展的政策和規劃，負責人才交流會的審批；負責對全市專業中介機構的指導、監督和管理；承擔國家特殊需要人員的選拔和服務工作；負責企業政策性安置人員的安排和員工的跨地區流動；承擔市促進就業領導小組的具體工作。
(6)人才發展辦公室
負責全市人才資源開發專項規劃的調查、分析、預測和起草工作；參與或負責制定全市人力資源開發政策；會同有關部門組織實施人才引進、培養和服務工作；參與實施全市優秀人才和人才工作的考核、評選和表彰；參與全市人才發展重大活動的規劃、組織和實施；參與制定全市學術和技術帶頭人培養計劃；承擔對本市有突出貢獻和享受政府特殊津貼的中青年專家的選拔、管理和服務工作，負責本市高級專家延遲退休的相關工作；負責全市博士後研究中心的申報和管理；負責教育部直屬高校研究生實習實訓(南通)基地建設、產學研結合等日常工作；承辦市委人才工作領導小組交辦的相關工作。
(7)公務員事務部(績效評估辦公室)
負責行政機關公務員的管理；會同有關部門制定全市公務員分類、錄用、考核、獎懲、任免、培訓、辭退等政策規定，並組織實施。負責全市參照管理事業單位工作人員的考試和綜合管理；參與制定公務員考核實施辦法，指導和監督市級行政機關公務員年度考核，承擔考核結果的核實和備案工作；承擔市級機關和部門績效評價的相關工作；組織實施國家榮譽制度，制定行政表彰獎勵辦法，承擔政府表彰獎勵工作；參與制定全市公務員培訓規劃，計劃並組織實施，監督和指導市級行政機關公務員培訓工作；負責全市行政機關公務員、參照公務員法管理的事業單位工作人員的調動工作；負責市級行政機關處級以下公務員的職位分類和資格審查，承辦市政府按法定程序提請人大任免的議案和市政府直接任免的人員的任免；監督和指導全市行政機關公務員競爭上崗工作；根據職責承辦公務員辭職、辭退和以市政府名義實施的紀律處分程序，聽取公務員的申訴和控告；負責全市行政機關公務員的登記管理工作。
(8)事業單位人事管理辦公室
組織實施事業單位人事制度改革和人事管理；按照管理權限，承擔事業單位專業技術崗位設置方案的審批或備案工作；參與事業單位分類改革和行業體制改革；指導和協調全市事業單位人事聘用制度的實施；制定市屬事業單位人員公開招聘和培訓政策並組織實施；會同有關部門編制市級事業單位人員年度招聘計劃並組織實施，協調市級事業單位政策性人員安置，承辦市級事業單位人員流動；負責市直事業單位工作人員的年度考核；負責全市機關事業單位工人技術等級的定級、考核和晉升工作；會同有關部門，組織實施市級機關事業單位購買服務崗位的聘用管理。
(九)轉業軍官安置辦公室(軍隊轉業幹部安置工作小組辦公室)
擬訂全市轉業軍官安置的政策法規，貫徹省下達的安置計劃並組織實施；組織、協調、指導和監督全市轉業軍官接收安置工作；制定全市轉業軍官教育培訓計劃並指導實施；統籌城市轉業軍官社會保障、城鎮轉業軍官配偶接收安置、子女入園等工作；制定本市轉業軍官自主擇業的扶持政策，指導轉業軍官自主擇業的管理和服務工作；承擔部分企業解決困難、穩定軍隊轉業幹部方針政策的宣傳解釋工作；承擔市軍隊轉業幹部安置工作小組的具體工作。
㈩職業能力建設辦公室
擬定全市城鄉勞動者職業能力建設發展規劃和政策，參與職業能力建設統計工作；制定高技能人才和農村實用人才隊伍建設發展規劃、培養和激勵政策並組織實施，承擔市級以上有突出貢獻的技師、高級技師和技術能手的選拔管理，負責全市職工職業技能競賽；制定各項職業培訓政策並組織實施，制定勞動預備制度實施辦法並組織實施；指導實施全市高技能人才培養示範基地和公共實訓基地建設；擬定全市職業教育培訓(高技能人才培訓)專項資金的管理細則和使用辦法並組織實施；擬訂全市技工院校和職業培訓機構的發展規劃、政策和管理規則，負責市級民辦職業技能培訓學校的審批和管理；指導全市技工院校和職業培訓機構的師資隊伍建設、教學研究、教學改革、招生和教材建設規劃；組織技工院校教師職稱評審；負責技工院校畢業證書的管理；組織實施國家職業資格證書制度、職業分類和職業技能國家標準；擬定全市職業技能鑒定政策並指導實施，負責審批職業技能鑒定所(站)的設立。
(十壹)專業技術人員管理辦公室(市專業技術職稱工作領導小組辦公室)
制定全市專業技術人才綜合管理和隊伍建設發展規劃並組織實施；承擔深化職稱制度改革的相關工作，負責全市專業技術人員的職稱工作和資格評審；指導本市實施專業技術職業資格制度；組織實施專業技術人員的繼續教育；指導、協調和監督全市專業技術(職業)資格考試；承擔市專業技術人員職稱(職業資格)工作領導小組的具體工作。
(十二)市外國專家局(市引進國外智力辦公室)
綜合管理本市引進的外國智力和外國專家；承辦全市優秀外國專家和留學回國人員的表彰獎勵工作；制定吸引海外高層次人才來本市工作或定居的政策；負責指導本市留學人員創業園的建設和管理；承辦本市派駐國際組織人員的推薦和選拔工作；承擔全市出國(境)培訓的管理工作；負責辦理外國專家來華工作許可和外國專家證，以及本市二級以下教育機構聘請的外國專家的資格認定；負責本市國外技術、管理人才項目和留學人員科技項目的申報、評審、實施和資助；建立引進國外智力服務體系；承辦本局的國際交流與合作。
(十三)農民工工作辦公室
負責制定全市農民工工作的綜合政策和規劃；推動農民工相關政策落實，協調解決重點難點問題，維護農民工合法權益；參與全市流動人口社會治安綜合治理；指導全市農民工綜合服務中心的建設；組織實施優秀進城務工人員在城鎮落戶；做好城鎮優秀農民工和長期繳納社會保險的農民工申請保障性住房的審核工作；承擔市農民工工作領導小組的具體工作。
(14)勞動關系部
擬訂並組織實施全市勞動關系政策、勞動合同、集體合同制度和集體協商規則；制定勞動用工備案制度和特殊工時制度，以及企業經濟性裁員、勞務派遣和員工檔案管理制度，指導企業規範勞動用工管理；負責全市勞動標準和不定時工作制、綜合計算工時管理，制定杜絕非法使用童工的政策和對女職工、未成年工的特殊勞動保護政策；擬訂全市企業職工工資收入分配的宏觀調控政策；制定企業艱苦津貼制度和標準；制定國有企業內外部工資監督檢查制度實施規範，指導和監督國有企業工資總額管理和企業領導人員工資收入分配；牽頭制定和完善協調勞動關系三方機制政策。
(15)工資和福利部
負責全市機關事業單位工作人員工資福利和離退休人員生活待遇的管理；貫徹國家和省有關機關事業單位工作人員工資、津貼、獎金和福利的政策規定，並組織實施；承辦市政府機關、事業單位和省直單位(委托)的工資、津貼、福利及相關獎金的審批，承辦機關事業單位工作人員計算工齡、參加工作時間的審批；負責交通部市屬事業單位和省屬單位工資總額管理；負責制定和實施國家公務員和事業單位工作人員退休、退職的具體辦法，並組織實施；按照幹部管理權限，具體辦理市直機關事業單位工作人員的退休、退職審批和服務。
(十六)養老保險部(農村社會保險部)
貫徹執行國家和省有關企業職工養老保險政策；負責制定全市機關事業單位養老保險政策；負責制定城鎮居民養老保障政策；根據上級部門的規定制定全市基本養老金調整辦法；擬定全市養老保險基金預測預警系統；落實全市參保人員死亡遺屬待遇和非因工傷殘職工待遇政策；按照規定監督基本養老保險待遇項目和支付標準；負責城鎮企業職工基本養老保險繳費年限的認定和退休審批；負責全市特殊工種和因病完全喪失勞動能力職工提前退休的審批；擬定全市退休人員社會化管理服務發展規劃和政策；擬定全市農村社會養老保險政策並組織實施；會同有關方面制定城市被征地農民基本生活保障政策；審查批準全市征地農民社會保障實施方案；執行國家和省的企業年金政策，負責城鎮企業年金方案備案。
(十七)醫療保險司
擬定醫療和生育保險政策和標準並組織實施；制定醫療、生育保險費率和基金征繳管理政策的調整辦法；擬定醫療、生育保險待遇項目和支付標準並監督實施；擬定醫療保險、生殖醫療藥品、診療項目和醫療服務設施的支付範圍和標準；制定定點醫療機構和零售藥店的管理辦法和費用結算辦法；擬訂補充醫療保險的規劃和政策、國家公務員醫療補貼辦法並組織實施。
(18)工傷保險部
擬定全市工傷保險規劃和政策；編制全市工傷保險基金收支、預算和決算，負責監督工傷保險基金的籌集、支付和管理；指導工傷保險經辦機構確定工傷保險費率；制定工傷預防和工傷康復政策；制定勞動能力鑒定辦法；組織制定定點工傷醫療機構、工傷康復機構和殘疾輔助器具安裝機構的資質標準；負責市區所有職工的工傷認定。
(十九)調解仲裁管理辦公室
承擔市勞動人事爭議仲裁委員會的具體工作；制定全市勞動人事爭議調解仲裁的規則、程序和制度並組織實施；指導全市勞動人事爭議的預防、調解和處理工作；指導全市勞動人事爭議實體和基層工作網絡建設；指導全市勞動人事爭議調解員和仲裁員隊伍建設；負責仲裁員資格證書和執行公務證書的申報和審核；依法指導和組織處理重大勞動人事爭議案件；對調解和仲裁進行統計分析；會同有關部門指導和協調全市企業、事業單位、行業、區域性勞動調解組織和人民調解組織的建設。
(20)勞動監察室
負責制定和實施全市勞動監察的程序、制度和規則；監督、指導和組織實施全市勞動保障兩網管理；指導全市勞動監察機構建設和全市勞動監察工作；負責全市勞動監察隊伍的建設；組織實施勞動監察，依法查處和督辦全市重大案件，組織處置相關突發事件；負責全市勞動保障誠信體系建設和有較大影響的勞動保障違法案件的社會公告；承擔其他人力資源和社會保障監督檢查工作。
此外，按照有關規定建立黨委、工會、共青團組織，其中局機關和直屬單位的思想政治工作和文明創建由黨委承擔。
市企業轉業幹部工作小組辦公室設在市人力資源和社會保障局，負責全市部分企業轉業幹部的困難和穩定工作。