會計系統控制是指通過會計的核算和監督系統所進行的控制，主要包括會計憑證控制、復式記賬控制、會計賬簿控制、會計報表及其財務成果控制。企業應當按照會計法和國家統壹的會計控制規範，對會計主體發生的各項經濟業務進行記錄、歸集、分類和編報，完善會計業務的處理流程，充分發揮會計系統的控制職能。
會計控制概述：
會計控制是指施控主體利用會計信息對資金運動進行的控制，具體而言會計控制是指會計人員（部門）通過財務法規、財務制度、財務定額、財務計劃、財務目標等對資金運動（或日常財務活動、現金流轉）進行指導、組織督促和約束，確保財務計劃（目標）實現的管理活動。這是財務管理的重要環節或基本職能，與財務預測、財務決策、財務分析與財務評價壹起成為財務管理的系統或全部職能。
會計控制的客體就是資金運動，會計控制的主體是會計部門及利用會計信息對資金運動進行控制的其它有關決策部門，會計控制的組織體系是以會計部門為中心滲透到企業每個部門的網絡系統。
會計系統控制作用：
企業的會計系統為企業提供成本信息、營運信息、生產信息、庫存信息等。因此，企業應加強會計系統控制。
會計系統控制主要包括：
1、建立健全內部會計管理規範和監督制度，明確權責，相互制約。
2、統壹企業內部會計政策。
3、統壹企業內部會計科目。
4、規範會計憑證、賬簿和財務報告的處理程序和方法。
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