中註協的最高權力機構是全國代表大會，它選舉理事會。
其中，理事會選舉產生會長、副會長和常務理事會，理事會下設若幹專門委員會和專業委員會。常務理事會在理事會閉會期間行使其職權。協會有壹個秘書處作為其常設執行機構。
中註協的宗旨是服務、監督、管理、協調，即服務中註協會員，監督會員素質和職業道德，依法實施註冊會計師行業管理，協調行業內外關系，維護社會公共利益和會員合法權益，促進行業科學發展。