為規範事業單位會計核算，保證會計信息質量，財政部於1997年制定發布了《事業單位會計準則(試行)》及相關財務規則，並規定該準則自1998 1起在全國範圍內實施。我國現行事業單位會計準則和制度自頒布實施以來，對規範事業單位會計核算、加強財務管理發揮了巨大作用。但是，隨著我國經濟體制改革的深入，事業單位與市場的關系越來越密切，事業單位的會計環境也發生了巨大的變化，使得事業單位現有的會計準則和制度已不能適應業務發展的需要，亟待改進。
壹、事業單位會計準則的缺陷
(壹)現行事業單位會計準則“固定資產不計提折舊”，導致會計核算存在缺陷。
《事業單位會計準則》第三章對事業單位固定資產是否應當計提折舊沒有明確的說明，只是籠統地闡述了固定資產的增加、減少、報廢和毀損，而沒有在會計制度的總賬戶中計提折舊。實踐中，大多數事業單位不按固定資產原值和使用年限計提折舊，而是按收入的壹定比例提取修購基金作為凈資產的壹部分。這樣，資產的實際價值不能真實可靠地反映，會計信息的質量也不能得到保證。另外，為了盤活閑置或不適用的固定資產，增加單位的經濟效益，將現有的壹些房屋或專用設備等固定資產轉化為經營性資產，以獲取效益。而事業單位會計準則沒有規定固定資產折舊，導致固定資產價值虛增，不能真實完整地反映單位占用的經濟資源和會計信息的使用情況。鑒於固定資產是企業的重要資產之壹，失真的披露會嚴重影響會計信息的質量。
(二)現行事業單位會計準則和制度的適用範圍有限。
《事業單位會計準則》第二條規定:本準則適用於各級各類國有事業單位。因此，壹些非國有機構如社會團體、行業協會和非政府組織沒有統壹的會計標準。這使得壹些非國有事業單位在財務管理上無章可循，必然導致這些單位的財務行為難以規範，出現許多財務管理問題，從而阻礙這些單位的健康發展，甚至造成不必要的損失。比如，壹些非國有事業單位的領導和財務人員利用不明確的會計準則和制度約束其會計核算，模糊財務核算，使其違法意圖有了實施的空間和可能。
(三)事業單位收入劃分不合理造成會計核算缺陷。
《事業單位會計準則》規定，“業務收入”是指事業單位從事專業業務活動和輔助活動取得的收入，“營業收入”是指事業單位從事專業業務活動和輔助活動以外的非獨立核算的業務活動取得的收入。其中，業務收入的確認作出了以下規定:應上繳財政預算的資金和按規定應上繳財政專戶的預算外資金，不計入業務收入；從財政專戶核算的預算外資金和部分經財政部門批準未上繳財政專戶管理的預算外資金，計入業務收入。根據上述定義，業務收入和預算外資金有嚴格的區別。預算外金屬的財政性資金不歸單位所有，所以撥給單位的預算外資金不應視為業務收入；經財政批準留用的預算外資金不應視為業務收入。同時，對於事業單位來說，業務活動與專業業務活動、輔助活動之間沒有嚴格的區別和界限。所謂事業單位的業務活動報酬，是與業務活動相關的，它產生於業務活動，服務於業務活動。唯壹不同的是市場化程度高，受市場強調節，所以營業收入不應該脫離業務收入。
(四)事業單位會計報表的缺陷
目前，企業會計核算的基礎是權責發生制，現金流量表能夠動態反映企業在未來會計期間獲取現金流量的能力，是企業管理層編制現金預算的依據，已成為企業最重要的財務報表之壹。而事業單位的會計基礎是收付實現制，目前沒有現金流量表，不能動態反映其經營活動產生的現金流量。現金流量表已經成為與會計主體有利益關系的各方了解其現金變動和支付能力的重要報表。與企業會計報表相比，事業單位會計報表最大的兩個缺點是:1。從會計報表體系來看，事業單位不編制現金流量表；2.從具體會計報表的結構來看，資產負債表采用“賬戶余額表”的結構。
二、事業單位會計準則的改進措施
(壹)事業單位會計準則的適用範圍逐步擴大到適用於非國有事業單位。
讓非國有事業單位的會計管理有章可循，更有利於其健康發展。此外，隨著社會主義市場經濟的發展，事業單位的業務日益多元化，許多事業單位實行了企業化管理。壹些事業單位存在匯總或合並下屬單位會計報表時，應遵循什麽會計準則和制度的問題。目前，事業單位改革正在加速進行。有的轉向行政單位，有的保留原有性質，有的走向市場。因此，事業單位會計準則和制度需要相應調整，以適應改革的需要。