會計憑證的整理主要是對憑證進行整理、粘貼和折疊。
對於紙張面積大於記賬憑證的原始憑證，可根據記賬憑證的面積大小，先從右向後折疊，再從下向後折疊兩次。註意憑證的左上角或者左側要放掉，以便裝訂後可以展開參考。
對於紙張面積過小的原始憑證，壹般不可以直接裝訂。可以先把它們按照壹定的順序和類別排列好，然後粘在壹張和記賬憑證壹樣大小的白紙上。粘貼時膠水合適。小額收據要按張排列，同類、同金額的單據盡量粘在壹起。同時要在側面註明張數和總金額。如果是板狀票(比如火車票)，可以輕輕撕開面票底部，將紙板丟棄。
對於紙張面積略小於記賬憑證紙張面積的原始憑證，可以在記賬憑證後面使用回形針或大頭針。當憑證被裝訂時，可以移除回形針或別針。
有些原始憑證不僅尺寸大，而且數量多，可以單獨裝訂，如工資表、材料消耗清單等。但會計憑證上應註明存放地點。
原始憑證附在記賬憑證上的順序應與記賬憑證記載的內容壹致，不得按原始憑證的大小排序。
整理好會計憑證後，為匯總裝訂打下了良好的基礎。
應覆蓋所有合並裝訂的會計憑證。在裝訂會計憑證之前，首先要設計和選擇會計憑證的封面。封面應由結實、耐磨和堅韌的牛皮紙制成。