代理記賬機構不合法。目前我國存在大量的未辦理營業執照和代理記賬許可證的不合法群體，他們遊離於工商局和財政局監督以外，和客戶關系為“妳情我願”的利益關系，國家執法部門不能有效進行監督控制，擾亂了代理記賬市場，幹擾了法律的嚴肅性。他們業務素質的參差不齊，也不能保證會計行業的水準符合法律規定。代理記賬機構模小、業務單壹、風險較高。代理記賬機構規模普遍較小，主要局限於代理記賬這壹單壹的業務，很少延伸到稅務服務、內部審計、財稅咨詢等高端服務領域，財稅壹體化服務優勢尚沒有發揮出來。
很多較小的代理記賬公司記賬並不規範，會計科目的設立不準確，對於業務的紀錄不準確，憑證不真實；很多代理記賬公司的會計人員並不清楚被代理企業的日常經營狀況，只是根據企業提供的壹些資料入賬，有時還故意作假使賬實不符。在報稅方面，因為稅務系統報稅時間集中，要求代理記賬公司賬務處理也要集中，使得代理記賬的業務難以擴大。當前多數企業代理記賬會計基礎工作不規範，比如人員配備不規範，會計人員素質(包括職業道德、會計專業知識水平)有待於進壹步提高。同時會計核算不按要求來做、不規範，原始憑證審核過於形式、原始憑證上單位負責人未審批簽名，會計資料存在數據失真現象比如很多企業在代理記賬委托過程中，代理記賬對象提供的會計原始單據的真實性得不到驗證，導致了財務和報表的失真。給信息使用者造成壹定的判斷失誤，給國家造成巨大損失。違規問題多，財務收支混亂，收入不入賬，私設“小金庫”、“賬外賬”，擴大報銷範圍和標準。有的財會人員只管付款，不管審核憑證，只管記賬，不管監督，且認為企業主要領導批的就有效。而在會計代理記賬制度後，以往的狀況大為改觀。對於加強財務管理、控制腐敗蔓延、切斷腐敗源頭具有十分重要意義。