(1)辦公室
負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦信息、安全、保密、信訪、政務公開、新聞宣傳、政務督查、提案辦理、政府財務和資產管理等工作；起草重要報告和綜合性文件。
(2)政策法規司
承擔交通行業依法行政和法制的重大政策研究和宣傳教育，指導交通行業改革；起草相關地方性法規草案，負責規範性文件的合法性審查；指導交通運輸行政執法工作，管理歸口管理的路政、交通、水運和海事執法工作；負責交通行政執法監督檢查、行政復議和行政訴訟。
(3)綜合計劃辦公室
編制全省公路水路綜合運輸體系發展規劃、中長期規劃和年度計劃；會同有關部門承擔全省民航運輸業發展規劃的起草工作，負責編制交通運輸業燃油稅轉移支出初步預算並監督執行；負責編制國防交通建設規劃、年度計劃和建設項目前期工作；負責交通行業交通扶貧的綜合統計、發展預測、經濟運行分析、信息引導和綜合管理；監督國省幹線公路養護，指導農村公路網規劃。
(4)金融資產管理辦公室
會同有關部門制定交通行業財務會計、國有資本、資產和專項資金管理的規章制度並監督實施；負責交通建設的資金籌措和資金使用管理；負責公路車輛通行費等非稅收入的征收管理和收支預決算的編制；負責行政事業單位財務預算和資金使用的審批；負責部門及所屬單位國有資本、國有資產和政府采購的管理。
(5)人事勞動司
管理處直屬單位領導班子；負責交通系統的人事、機構編制、職稱評聘、人才交流、教育培訓、勞動工資、社會保障、外事、社區管理和引智工作；負責交通行業專業技術人員職業資格管理。
(6)公路管理處
管理交通基礎設施建設市場，維護交通行業基礎設施建設市場的平等競爭秩序；負責交通基礎設施工程質量監督、工程定額、工程招標和工程造價的行業管理；負責全省公路交通基礎設施建設項目和大、中修項目的管理，組織審批初步設計和施工圖設計；組織協調省重點交通建設項目的實施和質量管理，組織或參與項目竣工驗收。
(7)運輸署(的士行業指導辦公室)
協調綜合交通運輸體系建設，參與制定綜合交通運輸發展方針、政策、規劃和標準；擬訂和協調現代交通物流業發展規劃、相關政策和標準，根據需要承擔物流市場管理工作；負責交通行業經濟運行分析和信息指導；負責全省道路、水路、民航運輸市場的監督管理，指導城鄉客貨運輸、出租汽車行業管理、城市交通和軌道交通運營管理；負責組織道路運輸站場、港口、碼頭、水路和民航機場的建設和管理；負責高速公路和重要國省幹線公路網運行的監控和協調，指導高等級公路運行。
(8)安全監督辦公室
貫徹執行安全生產的方針、政策、法律、法規、規章和標準；制定公路水路安全生產政策和應急預案並監督實施；指導和組織交通行業安全生產和應急體系建設；負責道路運輸、水路運輸和公路水運工程的安全生產監督管理；負責道路運輸源頭安全監督管理和民航機場建設運行安全管理；依法監督檢查交通行業生產經營單位的安全生產。
(9)技術部
指導和管理交通科技工作，擬定行業科技政策、中長期發展規劃和年度計劃；組織實施重大交通科技項目和科技合作交流，負責科技成果的鑒定和推廣應用；負責交通行業信息化建設的綜合規劃和管理以及信息、標準、計量、環保、能源、節能減排和專業技術人員的繼續教育。
㈩審計辦公室
制定交通行業內部審計的計劃、制度和方法，並對內部審計進行管理、監督和指導；組織開展財務收支審計、交通基本建設項目審計、經濟效益審計、領導幹部經濟責任審計和專項審計工作。
(十壹)離退休人員辦公室。
制定退休人員工作的措施和制度；負責機關事業單位退休人員管理工作，指導直屬單位退休人員管理工作。
(十二)交通戰備辦公室(省國防動員委員會交通戰備辦公室)
擬訂全省國防交通工作的有關規定和保障計劃，規劃國防交通網絡布局，指導有關行業編制重點運輸目標保障計劃，協調有關部門落實軍事需求；組織國防交通建設項目的申報和可行性研究，負責項目建設管理和竣工驗收；指導國防交通專業保障隊伍建設和訓練管理，實施應急交通保障；負責民用運力潛力的調查和動員，制定國防交通物資儲備計劃並負責管理和調撥。
黨委
負責機關及直屬單位黨群工作。