1.不同的適用範圍
預算會計適用於各級政府財政部門、各級行政單位和各類事業單位，適用對象明顯是非盈利性的，故又稱非營利組織會計。企業會計適用於以營利為目的從事生產經營活動的各類企業。
2.會計的基礎不同
在預算會計中，行政單位財務總預算和會計核算以收付實現制為基礎；事業單位會計根據單位實際情況分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計以權責發生制為基礎。
3.不同的會計要素。
預算會計要素分為五類:資產、負債、凈資產、收入和支出。企業會計要素分為六大類:資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。即使是同名的會計要素，在預算會計和企業會計中也有很大區別。
4.不同的會計等式
預算會計的身份是:資產十支出=負債+凈資產十收入。企業會計的身份是:資產=負債=所有者權益。
5.預算會計的內容和方法是特殊的。
在預算會計中，固定資產壹般應對應固定資金，固定資產不計提折舊；對外投資壹般對應投資基金；實行專款專用的辦法；壹般不實行成本核算，即使有成本核算，也是內部成本核算；壹般沒有損益核算。