有四方面的不同。
壹、職位的不同。
會計機構負責人：指在壹個單位內具體負責會計工作的中層領導人員，組織、領導會計機構或會計人員依法進行會計核算，實行會計監督的負責人。
總會計師：在單位主要領導人領導下，主管經濟核算和財務會計工作的負責人。
二、職責不同。
會計機構負責人：是公司財務總負責人，對各項財務會計工作要定期研究、布置、檢查、總結。
總會計師：是組織領導本單位的財務管理，成本管理，預算管理。
三、設置範圍不同。
會計機構負責人：只要設置會計機構，就應當配備會計機構負責。
總會計師：國有的和國有資產占控股地位或者主導地位的壹些大、中型國有企業才有實行總會計師制度。
四、任職條件不同。
會計機構負責人：除取得會計從業人員資格證書外，還應當具備會計師以上專業技術職務資格或者從事會計工作三年以上，在政治素質、工作經歷、政策業務水平、組織能力、身體情況也有嚴格要求。
總會計師：取得會計師專業技術資格或持有總會計師（CFO）資格證書，主管壹個單位或者單位內部壹個重要方面的財務會計工作的時間不少於3年。
百度百科--總會計師
百度百科--會計機構負責人