會計集中核算制這種新的財務管理模式，盡管新聞媒體、會計理論、具體操作部門以及紀檢、監察和財政等職能部門都給予了肯定，但作為實踐產物的會計集中核算制總是滯後於實踐本身的發展，在實踐中暴露出來壹定的局限性，必須引起我們的關註。
1．會計監督工作存在盲點。會計集中核算形式下，會計人員脫離了各委派單位的實際業務工作，很難詳細了解情況；壹個核算人員又同時負責多個單位賬務，無力全局掌握每個單位業務細節，行使會計監督的職能有壹定難度。具體說，核算站實行大廳式作業和核算站辦公的工作模式，單位計劃買什麽，花多少錢，是否真正產生這項經濟業務，單位在沒有去核算站報賬前，會計人員壹無所知。會計人員對單位資金的使用，只能在單位來核算站報賬時進行監督。這種監督只能稱做事後監督。目前核算站己經實行了會計電算化，要做到賬證、賬賬和賬表三個壹致很容易。如果三者不壹致，微機就不執行下壹個程序，並且電腦還會自動給操作者以提示。而要做到賬實相符，則相當困難。單位報賬時，會計人員只能根據單位報來的單據是否合法來判斷。只要單據合法有效，不管單據上反映的經濟業務是否真實，會計必須辦理報銷業務。所以說，會計集中核算後會計信息的質量得不到制度上的充分保證。
2．不能完全堵塞經費支出漏洞。節約財政支出，從源頭上預防和治理腐敗，是實行會計集中核算的出發點。核算站由於對單位的經濟業務缺乏必要的了解，對單位報來的票據只能從兩個方面進行監督審核：壹是看有沒有單位領導的簽字，是否與預留核算站的印鑒相符；二是看單位拿來的票據是否合格。這種監督審核，實質上只能做到以單據論單據。如果上面兩點都符合要求，即使單位用合法的票據套取現金，核算站也無法控制，不合理支出不會減少，漏洞不能完全堵塞，腐敗行為照樣發生。另外，核算站設備購置費、正常運轉費和業務單位各種憑證資料的購置費，也是壹筆不小的開支。
3．核算中心人員少，工作量大。實行會計集中核算後，由財政部門在銀行開設統壹核算賬戶，集中辦理資金收付，各單位的財務工作主要都集中在會計核算中心。從目前各地會計核算中心的運行情況來看，都普遍存在著核算中心人員少、工作量過大，報賬員在核算站報賬等候時間較長，部分單位領導不夠理解，從而使單位與委派會計之間造成壹些矛盾，特別是核算業務量較大的核算中心，這些矛盾更加突出。
4．核算中心制度建設滯後於業務的發展。會計核算中心成立時間較短，各項規章制度還不能完全適應不斷發展的業務要求，某些方面已經制約了會計業務的發展，主要表現有：壹是核算中心職能定位與會計人員職責定位銜接不緊。核算與監督、管理與服務是會計核算中心的基本職能，究竟誰是第壹位誰是第二位，實踐過程中，會計人員履行職責時常處於左右為難的尷尬境地。二是會計人員的思想政治工作缺乏針對性和實效性，會計人員堅持制度和原則的底氣不足。三是控制會計人員的崗位風險缺乏長效機制。