根據工作職責，區局設置相應的內設機構。內設機構中職能科室5個，稅源管理科六個，級別為正科級。
（壹）辦公室
制定局機關和本單位的年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；管理本單位財務等後勤保障及機關行政事務工作；負責局機關和本單位目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助領導對有關工作進行綜合協調；承辦領導交辦的其它工作。
（二）人事教育監察科
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作;負責離退休幹部及提前離崗人員的管理和服務；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責黨建、工會、***青團和婦聯工作；負責機關的黨群工作；承擔思想政治工作和精神文明建設。
負責貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報、違法違紀案件工作；承辦領導交辦的其它工作。
（三）政策法規科
負責流轉稅、所得稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、稽核管理工作；負責增值稅等稅種的日常稽核和日常管理性檢查工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；負責稅務行政訴訟和行政復議等事項；負責稅收協定執行、反避稅實施、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等；負責涉稅法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；負責對出口企業退免稅申報的審核和確認，組織落實本地出口貨源征稅情況並負責對外復函，負責本地出口貨物專用繳款書及分割單開具的檢查及指導工作；承擔稅種風險分析、出口退稅風險分析、大企業稅收風險分析；承辦領導交辦的其它工作。
（四）收入核算科
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計等信息數據的統計和分析工作；負責編制和分配稅收計劃、指導組織收入工作，進行稅收預測分析，負責稅款征收信息的集中處理和會計核算工作，組織並檢查稅款征收、解庫、提退等制度的執行；負責稅源資料的調查和測算，監控重點稅源；負責稅收票證的管理；承擔綜合稅收風險分析；承辦領導交辦的其它工作。
（五）納稅服務科
組織、協調和指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；組織實施面向納稅人的稅法宣傳。
加掛納稅服務科牌子，負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、金稅發售、報稅稽核和受理減免申請及有關優惠政策申請等；承辦領導交辦的其它工作。
（六）稅源管理科
稅源管理科六個：稅源管理壹科、稅源管理二科、稅源管理三科、稅源管理四科、稅源管理五科、稅源管理六科。
稅源管理壹、二科、四科、五科負責企業稅源稅戶管理。
稅源管理三科負責個體稅源稅戶管理。
稅源管理六科的主要職責：
負責組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，處理執行稅收征管法規、條例中的有關事項；負責稅務登記、納稅申報、稅款征收和稅收資料等的管理；牽頭組織對征管質量的綜合考核；負責組織征管軟件的推廣和應用；承擔納稅遵從狀況分析、征管程序性風險分析；承擔在本區域範圍內與地稅、工商、統計、電力等部門開展信息交換；與外地國稅機關協作開展發票逆查、非正常戶配對等交互工作。
負責重點項目和行業性納稅評估的實施工作；負責稅收風險等級在四級以上納稅人的風險應對工作；負責部分註銷企業註銷檢查、部分涉稅審批和優惠政策資格認定等復雜事項的核查；負責非居民稅收管理中的常設機構判定檢查、關聯交易的核查；負責部分生產企業進料加工手冊核銷的檢查及指定的專項核查工作；承辦領導交辦的其它工作。