公允價值變動用公允價值變動損益科目核算，屬於損益類賬戶，借方記減少，貸方記增加。比如說交易性金融資產公允價值變動，用“交易性金融資產—公允價值變動”科目來核算交易性金融資產在資產負債日時其公允價值與賬面價值之間的差額。
如果交易性金融資產公允價值低於賬面金額，其會計分錄如下：
借：公允價值變動損益，
貸：交易性金融資產—公允價值變動。
如果交易性金融資產公允價值高於賬面金額，其會計分錄如下：
借：交易性金融資產—公允價值變動。
貸：公允價值變動損益。