(1)辦公室。
負責文電、會議、機要、檔案、外事、後勤等機關的日常運行、財務管理、安全保衛和辦公自動化；承辦信息、保密、信訪、政務公開工作。
(2)人事部門。
負責局機關和直屬單位幹部人事、組織和社會保障工作；牽頭對市糧食廳及局直屬單位的年度工作進行評價和考核；組織實施全省糧食行業的教育培訓、職業技能鑒定和職稱評聘工作；承擔老幹部、統戰、扶貧、社會治安綜合治理、婦女和計劃生育工作。
(3)控制辦公室。
擬訂全省糧食總量平衡和宏觀調控的長遠規劃，組織實施全省糧食流通宏觀調控政策和措施；承擔全省糧食安全預警工作，制定糧食流通應急預案，提出啟動建議並組織實施；負責省級儲備糧油的管理，指導和監督儲備糧油的儲存、輪換和投放；指導市州糧油儲備工作，協調隴中糧油儲備管理；提出全省糧油進出口計劃；協調落實省外糧食最低收購價和國家臨時儲備糧調撥計劃；承擔全省糧食市場供求和價格的檢測分析，及時發布糧食供求、價格和質量信息；制定全省社會糧油流通統計制度，承擔全省社會糧油流通和糧油加工統計工作。
(四)監督檢查處(糧食購銷處)。
負責全省糧食流通的監督檢查，依法履行監督檢查職責；對監督檢查範圍內的違法行為實施行政處罰；監督食品經營者執行最高和最低庫存標準；監督原糧的質量和衛生；配合有關部門規範糧食市場行為，維護糧食流通秩序；負責糧食收購資格、陳化糧收購資格和小賣部供應站、小賣部供應機構資格的行政許可；承擔全省軍糧供應管理責任；制定全省商品糧指導性購銷計劃，指導市場收購；組織協調各類政策性糧油購銷；組織協調省內和跨省的糧食產銷合作。
(5)金融資產管理處。
制定全省糧食企業財務管理辦法，指導企業財務管理和會計工作；指導全省糧食企業國有資產管理工作，管理和監督直屬企事業單位國有資產；監督和指導省內國有糧食企業扭虧為盈；請分配、測算、分解、撥付省級儲備補貼和其他政策性補貼；會同省財政廳安排和落實糧食企業各項專項資金；指導全省國有糧食企業內部審計業務。
(6)倉儲辦公室。
指導全省糧油倉儲工作，執行糧油倉儲技術規範和標準；負責糧油質量標準，配合省質量技術監督局制定和發布全省糧油質量標準，規劃和指導全省糧食質量體系建設；負責儲備糧的資格審查和儲備糧輪換的驗收；負責全社會糧食保鮮技術的推廣和標準化工作，指導全省糧食安全儲藏；擬定全省糧食流通基礎設施布局規劃，指導糧食物流體系、糧油市場體系和加工設施建設；負責省級儲備糧的擴建工程；協調糧油運輸。
(7)產業發展辦公室。
承擔行業管理職能，綜合協調行業改革發展；協調和指導全省國有糧食企業改革；制定全省糧食產業化政策，指導產業化經營；負責糧食行業的科技進步、技術創新和安全生產；承辦糧食行業的對外宣傳交流工作；指導糧食行業依法行政，負責糧食行政執法隊伍和制度建設；承擔糧食系統的法制建設和普法工作；召集糧食行政復議和聽證，承擔行政訴訟應訴工作；承辦行政審批事項的審核和備案工作；牽頭起草本省有關糧食流通的規章和規範性文件，對本局的規章、制度和規範性文件進行審查和備案。
機關黨委負責局機關及直屬單位的黨群工作。