1.農產品認證費:農產品追溯系統需要對農產品進行認證，跟蹤其質量。因此，系統運營商可以向農產品企業或農戶收取壹定的認證費用。
2.平臺手續費:區塊鏈農產品溯源系統可以在參與者之間建立交易平臺，經營者可以從平臺上的交易中抽取壹定比例的手續費作為收入來源。