1、會計要素不同：財務會計針對的是企業內部的資金運動，會計要素是資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。預算會計針對的是政府的預算資金活動，會計要素是資產、負債、凈資產、收入和支出。
2、會計平衡等式不同：財務會計的平衡等式為：資產=負債+所有者權益。預算會計的平衡等式為：資產+預算支出=負債+凈資產+預算收入。