零余額賬戶是指財政部門在商業銀行為部門和預算單位開立的賬戶，用於財政直接支付和財政授權支付清算。零余額賬戶本身就是政府會計體系的壹個會計科目。從類型上看，零余額賬戶是壹個資產核算科目。
壹、本科目核算實行國庫集中支付的機構根據財政部門批準的支付計劃，收取和支出零余額賬戶的款項。
二、零余額賬戶金額的主要賬務處理如下:
(壹)財政授權支付方式下，收到代理銀行蓋章的“授權支付到賬通知”時，根據通知所列金額，借記本科目，貸記“財政補貼收入”科目。
(二)按規定的額度，借記有關科目，貸記本科目。
(三)從零余額賬戶提取現金時，借記“庫存現金”科目，貸記本科目。
(4)因購貨退回國庫授權支付款項的，按照退回的金額，借記以前年度支付的款項，貸記“財政補貼結轉”、“財政補貼結余”、“存貨”等相關科目；本年支付的款項，應按歸還的金額，借記本科目，貸記“業務費用”、“存貨”等相關科目。
(5)年末根據代理行提供的對賬單，對取消金額進行相關賬務處理，借記“財政應退金額——財政授權支付”科目，貸記本科目。事業單位本年度財政授權支付預算指標數大於零余額賬戶用款數的，按照未用款數，借記“財政返還金額——財政授權支付”科目，貸記“財政補助收入”科目。
明年年初，機構根據代理行提供的恢復額度通知，對恢復額度進行相關賬務處理，借記本科目，貸記“應由財政返還的金額——財政授權支付”科目。事業單位收到財政部門批準的上年末未發放的零余額賬戶用款金額時，借記本科目，貸記“財政應返還金額——財政授權支付”科目。
三、本科目期末借方余額，反映事業單位尚未支出的零余額賬戶金額。本課程結束時不應有余額。