註冊會計師審計起源於16世紀的意大利。在16世紀的意大利商業城市，有壹批具有良好會計知識的專業人士專門從事這類審計和公證工作，可以說是註冊會計師審計的起源。隨著這些專業人員數量的增加，他們於1581在威尼斯成立了威尼斯會計協會，成為世界上第壹個會計專業團體。
註冊會計師審計雖然起源於意大利，但對後來註冊會計師審計的發展影響不大。英國在註冊會計師審計職業的建立和傳播過程中發揮了重要作用。18世紀下半葉，英國資本主義經濟迅速發展，生產社會化程度大大提高，企業所有權和經營權開始分離。為了監督經營者的經營管理，防止其徇私舞弊，保護投資者和債權人的利益，英國政府於1844年頒布了《公司法》，並於1845年對其進行了修改，規定股份公司的賬目必須由董事以外的人員進行審計。此後，英國政府確認了壹批精通會計業務、熟悉審計知識的獨立會計師的資格。1853，第壹個註冊會計師專業團體愛丁堡會計師學院在蘇格蘭愛丁堡成立。該協會的成立標誌著註冊會計師行業的誕生。
與獨立審計相比，政府審計有著悠久的歷史。就我國而言，政府審計早在夏商時期就已形成。西周時，審核員被稱為“管家”；秦漢時期，有“會計”制度；隋唐時期有“審計署”(這是第壹次出現“審計”壹詞)；元明清時期在戶部和都察院。這說明獨立審計只是現代經濟發展的產物。
註冊會計師的審計理論上是獨立於任何機構的，法律法規中有保持獨立性的規定，但實際上還是需要受到各方面的約束，這裏就不進行了。