1.缺乏會計電算化方面的專業人才
作為壹個綜合性的財會專業人才，需要具備計算機、會計、管理等多方面的專業知識，實現從滿足手工會計的需要到適應會計電算化普及的過渡。許多會計核算軟件的使用人員和管理人員，大都是由過去的手工會計、出納等經過短期培訓而來，他們在使用微機處理業務的過程中大多數是對會計核算軟件的使用操作和基本的數據處理。而他們對微機的軟硬件知識了解不多，不能靈活運用軟件處理的會計數據進行財務信息的加工處理。當計算機運行出現問題時，計算機維護人員又大多是計算機專業出身，對財務知識又不甚了解，所以不能夠把計算機知識和會計等財務知識融合在壹起。這樣就會造成會計資料和數據的損壞、丟失甚至是泄露。而事實上，很多問題是可以避免的。
2.財務信息(數據)存在安全問題
財務數據對於使用者來說，是至關重要的。可以說，財務數據在很大程度上關系著使用者(例如企業)的生存與發展。
在會計電算化環境下，電子符號代替了會計數據，磁介質代替了紙介質，財務信息面I臨安全風險。我國的財務軟件生產還處於模仿和加工階段，役有形成壹定的產業規模，多數財務軟件的開發都是把重點放在理財和提供多功能管理和決策上，很少放在數據的安全保密上。隨著網絡經濟時代的到來，在給企業帶來無限商機的同時，網絡財務面臨的最突出問題就是安全問題。網絡下的會計信息系統很有可能遭受黑客或病毒的侵擾，很多企業沒有針對網絡環境來建立和完善相應的會計電算化安全防範措施，壹旦發生問題將給使用者(企業)造成巨大的損失。
3.會計電算化下的統壹數據接口問題
由於我國的財務軟件都是各軟件公司自行開發的，各自使用不同的操作平臺和支持軟件，數據結構不同，編程風格各異，為技術保密，相互沒有交流和溝通，沒有業界的協議，自然也沒有統壹的數據接口，在系統與系統之間很難實現數據信息的***享。即使是同壹系統的各子系統之間也還不能做到信息的完全***享，這就使得現有的財務信息單壹、滯後而且缺乏前瞻性。同時。會計的每壹次重大變革，都直接導致審計的重大變革。會計電算化必然對以會計為基礎的審計在審計線索的獲取、審計內容、審計程序和方法及審計風險等多方面產生重大的影響。
4.會計電算化的基礎管理工作存在漏洞
許多會計電算化單位沒有嚴密的基礎管理工作制度。首先，在人員分工上，企業對會計電算化操作人員與系統維護人員等崗位沒有嚴格權限限制措施，操作員密碼公開或不設密碼，為越權使用和篡改數據留下隱患。特別是壹些中小企業內部控制十分不完善，使得會計電算化不能正常健康運轉。其次，從檔案資料管理上，許多單位對存儲會計檔案的磁盤和會計資料未能及時歸檔，已經歸檔的內容不完整，導致不少的會計檔案被人為破壞和自然損壞，以至於造成企業財務信息泄密。再次，防範風險的意識不強。許多使用者對數據的安全風險不夠重視，導致整個系統的故障甚至是癱瘓。
5.會計核算軟件在會計電算化的使用中，重視賬務處理卻忽視管理應用
會計電算化的運用可以極大地發揮計算機的計算與分析功能，但是，由於受我國傳統的手工會計工作主要是事後核算的影響，我國實行會計電算化的單位大多存在著重視報賬功能忽視管理功能的現象。就企業會計電算化的應用現狀來看，會計電算化的使用還停留在記賬、算賬水平上，或者說是將手工記賬轉移到“電腦”記賬上，並沒有應用到企業全面管理活動中，也可以說會計軟件只是實現了它的會計功能，並沒有實現它的管理預測和分析功能。隨著經濟的迅速發展，全球經濟壹體化進程的加快，為了促使會計電算化處理的信息更系統化、智能化，給企業帶來經濟效益，針對以上會計電算化應用中存在的問題，提出以下完善的對策：
1.培養壹專多能的復合型
會計人才為了適應會計電算化工作的要求，企業要重視復合型的電算化會計人才的培養，造就壹大批既精通財務知識，又熟悉計算機信息技術，能夠將兩者有機地結合起來，進行財務信息的加工和分析，滿足各方對財務信息需求的復合型人才。從近處講，應該在會計核算軟件的推廣和電算化的具體實施過程中，註重對相關人員，尤其是會計崗位人員計算機的技能培訓.造就壹大批高素質的壹線應用與系統維護及能夠進行二次開發應用的會計電算化人才。從長遠角度看，要對高等院校會計電算化專業和與財務相關的計算機專業的教學結構進行調整，對該類專業學生的培養要在計算機與財務兩個方面並重，培養出符合會計核算軟件開發、維護、使用要求的高技能人才。
2.加強會計核算軟件數據信息的安全管理與防範
首先，要加強數據處理的控制，建立健全內部控制。在軟件開發上，註重使用先進的技術手段處理各種數據。在維護控制、硬件管理和維護控制、組織機構和人員的管理和控制、系統操作的管理和控制、文檔資料的管理和控制上，除了要建立健全各項管理的規章制度外，還要切實加強規章制度的執行力度。
其次，要防範計算機病毒對數據的影響和損壞。對於進行數據處理的計算機，要加強防護，除了安裝正版殺毒軟件外，還要避免與外部網絡的連通；還要防範數據的人為破壞和丟失。
再次，在國家制定並實施了計算機安全法律，全社會加強對計算機安全宏觀控制的同時，企業應安裝正版查殺毒軟件，采用防火墻技術、信息加密存儲技術、身份識別技術等安全措施來保證財務信息的安全；最後，應加強對計算機科技信息計算機與網絡符是否是文件，顯然，不是文件；再用listFiles()進行判斷，看所列出的文件是否為空，若為空，用戶所點擊的磁盤大小即為0，若不為空，則列出根目錄下的文件，如果是文件的話，就分別計算出在簇大小為4k，8k，16k，32k時此文件的占用空間(邏輯驅動器)，如果是軟盤的話，就直接用512bytes來計算(因為軟盤扇區大小固定)，並將此文件的大小進行累加，以備計算整個盤的利用率時使用。如果為目錄的話，就使用遞歸調用直到遍歷完
3.建立通用、統壹的財務軟件協議
企業信息化建設的方向是實現對企業物流、資金流和信息流壹體化、集成化的管理。財務軟件日益成為企業全面管理軟件中的財務管理模塊組成部分，所以，要求現有的財務軟件應有很好的融合理論與開發技術，能夠實現不同系統層次的數據轉換。要做到這壹點，首先，應建立壹個通用、統壹的財務軟件協議。在該協議中應明確規定相同的數據接口或者規定公***的轉換接口，提高數據的標準接口技術，比如輸入、輸出數據庫名稱、格式、類型、字段名稱等，從而實現不同的數據可以相互轉換，進而被識別和接受，能夠在不同軟件系統下直接使用。其次，應由相關的上級組織部門協調各單位情況，提供壹個適應大多數單位情況的會計電算化協議，各單位遵照執行，使各單位有***同的工作方式。
4.做好財務核算軟件使用的基礎管理工作
財務核算軟件使用的基礎管理工作主要指會計核算規程是否規範，基礎數據是否準確、保存是否完整等。為做好財務核算軟件使用的基礎管理工作，我們應做到以下幾點：
(1)加快防止會計電算化犯罪的法制化進程；
(2)進壹步建立健全會計電算化內部控制制度和單位內部電算化管理制度；
(3)建立計算機硬件和軟件管理制度與計算機病毒防範與控制；(4)加強制訂會計檔案管理制度；
5.改善和提高會計軟件功能
許多企業采用的會計軟件雖然已開始從核算型向管理型過渡，但總體上講，模塊不能適應管理需要，缺乏高質量的會計軟件。要真正充分發揮會計電算化的優勢，為單位管理服務.必須將其納入管理信息系統，提高會計軟件功能，向企業全面管理方向過渡。同時在經濟全球化的環境下，要加強軟件自身的更新和完善，使得我國會計軟件能夠滿足現代跨國企業經營和企業集團化發展的需要，開發出適應跨國企業集團需要的會計軟件。會計核算軟件的發展趨勢是由記賬報賬型轉向管理型。