1.存貨類科目設置不同《小企業會計準則》存貨類科目刪除了“發出商品”和“存貨跌價準備”等科目。2.發出存貨實際成本的計算方法不同《企業會計準則》規定，企業應當采用先進先出法、加權平均法、移動加權平均法或者個別計價法確定發出存貨的實際成本。《小企業會計準則》規定，企業應當采用先進先出法、加權平均法或者個別計價法確定發出存貨的實際成本。3.低值易耗品和包裝物的處理不同《企業會計準則》規定低值易耗品和包裝物領用時采用壹次轉銷法或者五五攤銷法核算。包裝物租金收入和沒收的押金收入貸記“其他業務收入”科目，結轉成本時，借記“其他業務成本”科目，對於逾期未退包裝物沒收的加收的押金，貸記“營業外收人”科目。《小企業會計準則》規定低值易耗品和包裝物領用時采用壹次轉銷法或者分次攤銷法核算。出租或出借周轉材料，不需要結轉其成本，但應當進行備查登記。包裝物租金收入和沒收的押金收入貸記“營業外收入”科目，確認逾期未退包裝物時，應結轉其成本，借記“營業外支出”科目。4.存貨盤盈、盤虧毀損的處理不同《企業會計準則》規定存貨盤盈凈收益沖減“管理費用”科目；存貨盤虧毀損的凈損失屬於計量收發差錯和管理不善等原因造成的，借記“管理費用”科目。
《小企業會計準則》規定存貨盤盈凈收益貸記“營業外收入”科目；存貨盤虧毀損的凈損失借記“營業外支出”科目。5.存貨減值處理不同
《企業會計準則》規定對於存貨可能發生的減值計提存貨跌價準備，按存貨可變現凈值低於成本的差額，借記“資產減值損失”科目，貸記“存貨跌價準備”科目。
《小企業會計準則》規定不得計提存貨跌價準備。