從被兼並方來說，首要問題便是財產清查。這其中包括了流動資產、固定資產、無形資產和長期投資等。面對盤虧的，需要按照規定進行轉銷。對尚未處理的潛虧、產成品清查損失和虧損掛帳，在處理後會進行資產評估，然後結束舊賬便算處理完畢。
從兼並方來說，可以采用有償方式兼並或者無償劃轉方式兼並，可根據實際情況選擇。
企業兼並後，被兼並企業喪失法人資格，按兼並方企業的會計制度進行核算。如果被兼並企業仍保留法人資格，按其適用的行業會計制度進行核算。
根據法律形式，企業合並分為吸收合並、創立合並和控股合並。吸收合並和創立合並的結果是只留下壹個單壹的經濟實體和法律實體，其處理合並業務所應用的會計方法，都屬於會計的傳統領域。控股合並是壹家公司通過長期投資取得另壹家公司的控制股權，被投資公司成為子公司，投資公司成為母公司，需要編制合並會計報表。
在購買法下，如果企業合並中形成母子公司關系，母公司便應當編制購買日的合並資產負債表。其中包括的被購買方各項可辨認資產、負債及其或有負債應當以公允價值列示。母公司的合並成本與取得的子公司可辨認凈資產公允價值份額的差額，可確認為商譽或者作為當期損益列示。