南京工程學院擁有5個省級重點建設學科和4個省級優秀學科梯隊。省重點建設學科(5個):機械設計制造及其自動化、熱能工程、檢測技術及其自動化裝置、電力工程及其自動化、軟件工程。
南京工程學院擁有2個省級重點建設實驗室，江蘇省高校首批“2011計劃”協同創新中心，5個省級工程技術中心。省重點建設實驗室(2個):江蘇省先進數控技術重點建設實驗室、江蘇省先進結構材料及應用技術重點實驗室。
江蘇高校首批“2011計劃”協同創新中心(1):南京工程學院“配電網智能技術與裝備協同創新中心”。省級工程技術中心(5個):江蘇鐵道車輛現代裝備工程研究中心、江蘇電力仿真技術中心、現代制造技術工程研究中心、先進數控技術實驗室、模具工程研究中心。
教員:
截至2019、12，學校現有教職工1800余人，其中專任教師1637人，占高級職務教師的48.9%。其中，高正有217人，博士教師706人。
學校教師中，享受國務院特殊津貼專家5人，江蘇省特聘教授1人，江蘇省有突出貢獻中青年專家6人，南京市1人，江蘇省名師4人，江蘇省“333工程”、“藍色工程”、“六大人才高峰”165438+。
獲批省屬高校科技創新團隊2個，“藍色工程”科技創新團隊2個，省屬高校優秀教學團隊1個，“藍色工程”優秀教學團隊1個，省屬高校哲學社會科學優秀創新團隊1個。
省屬高校優秀教學團隊(1):自動化專業教學團隊。