註冊會計師的職能在於經濟監督職能、經濟鑒證職能、經濟評價職能，其中經濟監督職能指通過審計、監察和督促被審計單位的經濟活動以確保經濟責任的正確履行；經濟鑒證職能指審計機構和審計人員對被審計單位會計報表及其他經濟資料進行檢查和驗證，以確定其財務狀況和經營成果是否真實、公允；經濟評價職能指審計機構和審計人員對被審計單位的經濟資料及經濟活動進行審查，以尋求高效率高效益的處理方法。
而註冊會計師審計的作用主要在於通過實施審計工作，以確保被審計單位的會計信息質量，及維護投資者、債權人及其他利害關系人的利益。