藥店會計常用的賬目：現金日記賬、銀行存款日記賬、總分類賬簿、明細分類賬、商品進銷存帳等。壹般的藥店會計做賬工作流程就是：取得原始憑證，制作會計憑證，月底匯總做科目匯總表，登記總賬，然後按制作的會計憑證登記明細賬以及庫存賬，總賬和明細賬核對，制作會計報表；如果單位是壹般納稅人做網上國稅申報和地稅申報，報完後把留底報表存檔。
會計分錄是指預先確定每筆經濟業務所涉及的賬戶名稱，以及計入賬戶的方向和金額的壹種記錄。簡稱分錄。 會計分錄是由應借應貸方向、對應賬戶名稱及應記金額三要素構成。 按照所涉及賬戶的多少，分為簡單會計分錄和復合會計分錄。 簡單會計分錄指只涉及壹個賬戶借方和另壹個賬戶貸方的會計分錄，即壹借壹貸的會計分錄； 復合會計分錄指由兩個以上（不含兩個）對應賬戶所組成的會計分錄，即壹借多貸、壹貸多借或多借多貸的會計分錄。