五華區主要河流有戴宇河、沙朗河、西北沙河、玉流瓦宮河等。地下水分為松散堆積層孔隙水、基巖裂隙水(包括碎屑裂隙水、巖漿裂隙水和變質裂隙水)和碳酸鹽裂隙巖溶水。降雨入滲和地表水滲漏是其補給的基本來源,主要以徑流和泉水形式排泄。