兩者不同點在於：
(1)系統初始化設置工作有差異。手工會計的初始化工作包括建立會計科目，開設總賬，登錄余額等;會計電算化的初始化設置工作則較為復雜，且帶有壹定的難度，其內容主要有會計系統的安裝，賬套的設置，網絡用戶的權限設置，操作員及權限的設置，軟件運行環境的設置，科目級別與位長的設置，會計科目及其代碼的建立，最明細科目初始余額的輸入，憑證類型設置，自動轉賬分錄定義，會計報表名稱、格式、數據來源公式的定義等。
(2)科目的設置和使用上存在差異。在手工會計中，由於手工核算的限制，將賬戶分設為總賬和明細賬，明細賬大多僅設到三級賬戶，此外，再開設輔助賬戶以滿足管理核算上的需要;科目的設置和使用壹般都僅為中文科目。而在會計電算化中，計算機可以處理各種復雜的工作，科目的級數和位長設置因不同的軟件而異，有的財務軟件將科目的級崐數可設置到6級以上，完全滿足了會計明細核算方面的需要;科目的設置上除設置中文科目外，仍應設置與中文科目壹壹對應的科目代碼，使用科目時，計算機只要求用戶輸入某壹科目代碼，而不要求輸入該中文科目，但在顯示打印時，壹般都將中文科目和與之對應的科目代崐碼同時顯示。
(3)賬務處理程序上存在差異。手工會計根據企業的生產規模、經營方式和管理形式的不同，采用不同的會計核算形式，常用的賬務處理程序有記賬憑證核算形式、科目匯總表核算形式、匯總記賬憑證核算形式、日記賬核算形式等，對業務數據采用了分散收集、分散處理、重復登記的操作方法，通過多人員、多環節進行內部牽制和相互核對，目的是為了簡化會計核算的手續，以減少舞弊和差錯。而在會計電算化中，壹般要根據文件的設置來確定，常用的是日記賬文件核算形式和憑證文件核算形式，在壹個計算機會計系統中，通常只采用其中壹種核算形式，對數據進行集中收集、統壹處理、數據***享的操作方法。
(4)賬簿格式存在差異。在手工會計中，賬簿的格式分為訂本式、活頁式和卡片式三種，並且對現金日記賬、銀行存款日記賬和總賬必須采用訂本式賬簿。而在計算機會計系統中，由於受到打印機的條件限制，不太可能打印出訂本式賬簿，因此根據《會計電算化工作規範》規定，所有的賬頁均可按活頁式打印後裝訂成冊;總賬賬頁的格式有傳統三欄借貸式總賬和科目匯總式總賬，後者可代替前者;明細賬的格式可有三欄式、多欄式和數量金額式等。
(5)平行登賬上存在差異。在手工會計登賬時，總賬由壹名會計人員根據審核無誤的記賬憑證，或科目匯總表，或匯總記賬憑證進行登錄，明細賬由另壹名會計也根據原始憑證或記賬憑證進行平行登錄，月末校驗兩者是否相等。由於兩名會計在登錄時有可能發生錯誤，因此平行登賬可以檢查錯誤。但是在會計電算化中，總賬與明細賬的數據均來源於原始憑證或記賬憑證，計算機按照登錄總賬和明細賬的程序命令，將數據從記賬憑證數據庫中轉移到總賬數據庫和明細賬數據庫，而計算機的內部運算是不可能發生數據運算錯誤的，所以在會計電算化中總賬金額恒等於明細賬金額。因此，平行登賬的校驗功能在會計電算化中已失去了其原先的作用。
(6)日記賬和明細賬作用有所差異。在手工會計中通常僅對現金和銀行存款設置日記賬，目的是為了序時記錄貨幣資金的發生情況，做到與貨幣資金日清月結、錢賬兩清。憑證信息是分散的，不便於查詢，明細賬僅是為了方便查詢憑證而設置的，雖然任何科目按科目重新登錄在明細賬上，耗時且易錯。而在會計電算化中，雖然任何科目都可有日記賬和明細賬，但所有日記賬和明細賬上的數據均來源於記賬憑證，由於采用了計算機這壹高效能的工具，在賬務軟件中對記賬憑證提供了多種查詢條件，如日期、憑證號、科目代碼、搞要、單位名稱、單據號、錄入員、審核員、借方金額、貸方金額、收入數量、余額等等，查詢的方法可分為確定查詢、自由查詢、組合查詢和模糊查詢四種，可查詢到企業的所有業務信息，由此看來，明細賬在CAIS中意義已不再重要，可以取消，根據財政部文件規定，明細賬可以壹年輸出壹次，僅是為了存檔的需要。
兩者相同點在於：
(1)系統目標壹致。兩者都對企業的經濟業務進行記錄和核算，最終目標都是為了加強經營管理，提供會計信息，參與經營決策，提高企業經濟效益。
(2)都要保存會計檔案。作為會計信息系統的輸出，會計信息檔案必須妥善保存，以便查詢。
(3)都要遵守會計和財務制度，以及國家的各項財經法紀，嚴格貫徹執行會計法規，從措施、技術、制度上堵塞各種可能的漏洞，消除弊端，防止作弊。
(4)系統的基本功能相同。任何壹個信息要達到系統目標，都應具備信息的采集輸入、存貯、加工處理、傳輸和輸出這五項功能。
(5)采用的基本會計理論與方法壹致。兩系統都要遵循基本的會計理論和方法，都采用復式記賬原理。
(6)編制會計報表的要求相同。兩系統都要編制會計報表，並且都必須按國家要求編制企業外部報表。