1、總會計師和會計機構負責人在職責和地位上存在區別。總會計師是在單位主要領導人領導下，主管經濟核算和財務會計工作的負責人。
2、會計機構負責人是指在壹個單位內具體負責會計工作的中層領導人員，也可以稱為會計主管人員。總會計師更加註重財務會計管理和經濟核算，參與重大決策，而會計機構負責人則更加專註於具體的會計工作管理。