1. 增值稅專用發票的會計分錄：借記“生產成本”或“庫存商品”，貸記“應交稅費-應交增值稅（進項稅額）”。
2. 免稅的增值稅普通發票不抵扣進項稅額，不進行會計分錄處理。
免稅的苗木發票抵扣的會計處理：
1. 記錄苗木采購成本：
借：生產成本/庫存商品/原材料；
貸：銀行存款/應付賬款。
2. 記錄苗木入庫：
借：庫存商品/原材料；
貸：生產成本/庫存商品/原材料。
3. 記錄苗木銷售收入：
借：應收賬款/銀行存款；
貸：主營業務收入/其他業務收入。
4. 記錄苗木銷售成本：
借：主營業務成本/其他業務成本；
貸：庫存商品/原材料。
5. 若涉及免稅，不計入進項稅額，因此不會有進項稅額的會計分錄。
綜上所述，免稅苗木的會計處理中，增值稅專用發票應借記“生產成本”或“庫存商品”並貸記“應交稅費-應交增值稅（進項稅額）”以抵扣進項稅額，而免稅的增值稅普通發票則不用抵扣進項稅額，不需進行會計分錄處理。
法律依據：
《中華人民***和國增值稅暫行條例》
第八條
納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產支付或者負擔的增值稅額，為進項稅額。
下列進項稅額準予從銷項稅額中抵扣：
（壹）從銷售方取得的增值稅專用發票上註明的增值稅額。
（二）從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額。
（三）購進農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品買價和11%的扣除率計算的進項稅額，國務院另有規定的除外。進項稅額計算公式：
進項稅額=買價乘以扣除率
《中華人民***和國會計法》
第十四條
會計憑證包括原始憑證和記帳憑證。辦理本法第十條所列的經濟業務事項，必須填制或者取得原始憑證並及時送交會計機構。會計機構、會計人員必須按照國家統壹的會計制度的規定對原始憑證進行審核，對不真實、不合法的原始憑證有權不予接受，並向單位負責人報告；對記載不準確、不完整的原始憑證予以退回，並要求按照國家統壹的會計制度的規定更正、補充。原始憑證記載的各項內容均不得塗改；原始憑證有錯誤的，應當由出具單位重開或者更正，更正處應當加蓋出具單位印章。原始憑證金額有錯誤的，應當由出具單位重開，不得在原始憑證上更正。記帳憑證應當根據經過審核的原始憑證及有關資料編制。