1、油墨不同：寶珠筆使用的是水性油墨。圓珠筆則采用的是油性油墨。
2、筆頭不同：寶珠筆的筆頭主要分為兩種類型子彈型和針管型。子彈型筆頭采用銅合金和不銹鋼制成，形狀類似於子彈，書寫時能夠產生較為粗獷的線條。圓珠筆的筆頭結構較為特殊，內部嵌入了壹個小鋼珠，這個小鋼珠位於壹個小圓柱體型的銅制碗內。當小鋼珠在書寫時滾動時，會將油墨從塑料管中擠壓出來，並隨著鋼珠的轉動從四周流下，形成字跡。
3、顏色不同：寶珠筆的顏色選擇相對較多，常見的有紅色、藍色、黑色和綠色等。圓珠筆的顏色選擇也較為豐富，但最常用的還是黑色、藍色和紅色。顏色在書寫時都能夠產生清晰、鮮明的字跡，適用於各種書寫和標記需求。